More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1812 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
72 aa  147  4e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  69.57 
 
 
84 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  72.46 
 
 
72 aa  100  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  68.12 
 
 
72 aa  99.4  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2458  XRE family transcriptional regulator  58.21 
 
 
72 aa  85.9  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282719  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6741  putative transcriptional regulator  76 
 
 
58 aa  85.5  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0202746  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 
75 aa  71.2  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 
87 aa  69.3  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  50.79 
 
 
75 aa  63.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 
71 aa  62  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  46.97 
 
 
83 aa  61.2  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
100 aa  61.2  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 
68 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 
96 aa  60.1  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  49.21 
 
 
76 aa  60.1  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 
74 aa  59.7  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 
77 aa  59.3  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
69 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 
69 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 
69 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 
76 aa  58.5  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 
78 aa  58.2  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 
76 aa  58.2  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  43.66 
 
 
383 aa  57.8  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 
91 aa  57.8  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 
69 aa  57.4  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  42.65 
 
 
77 aa  57  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 
203 aa  56.6  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 
78 aa  56.2  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 
79 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  42.42 
 
 
90 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
201 aa  54.7  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  40.91 
 
 
91 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 
207 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 
90 aa  53.9  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  43.94 
 
 
652 aa  53.5  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 
154 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 
75 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 
88 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
70 aa  52.4  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 
199 aa  52.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
69 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  38.46 
 
 
75 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  38.03 
 
 
154 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  44.12 
 
 
216 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 
96 aa  52.4  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  44.12 
 
 
195 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3268  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 
104 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 
112 aa  52.4  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  40.3 
 
 
75 aa  52  0.000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 
86 aa  52  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 
230 aa  52  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 
72 aa  51.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
70 aa  52  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
57 aa  51.2  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 
224 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
76 aa  51.2  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 
120 aa  50.8  0.000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  36.67 
 
 
72 aa  50.4  0.000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
259 aa  50.8  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 
78 aa  50.8  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0153  transcriptional regulator  40.68 
 
 
64 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  47.37 
 
 
68 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 
68 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  38.98 
 
 
248 aa  50.4  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 
68 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 
68 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 
72 aa  50.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 
76 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  33.8 
 
 
192 aa  50.4  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 
75 aa  49.7  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2282  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 
89 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  38.89 
 
 
195 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  38.89 
 
 
195 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 
77 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  38.89 
 
 
195 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 
333 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 
199 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
198 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  35 
 
 
72 aa  49.7  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 
333 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  43.4 
 
 
188 aa  49.7  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  38.89 
 
 
195 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 
91 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 
176 aa  50.1  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 
188 aa  50.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 
78 aa  50.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 
75 aa  49.7  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 
78 aa  50.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 
72 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
198 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  34.43 
 
 
90 aa  50.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0346  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  36.23 
 
 
377 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  38.89 
 
 
195 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  32.39 
 
 
192 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  42.62 
 
 
196 aa  48.9  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  35.29 
 
 
87 aa  48.9  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  40 
 
 
81 aa  48.9  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  36.92 
 
 
184 aa  48.9  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 
201 aa  48.9  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>