144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0713 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 		 81 aa  165  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  54.29 
 
 		 75 aa  84.3  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  48.57 
 
 		 77 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 113 aa  62  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 79 aa  57  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 78 aa  55.1  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 		 96 aa  55.1  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 76 aa  52.8  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 76 aa  52.8  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 154 aa  52.4  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 76 aa  52.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  34.85 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2077  transcriptional regulator, XRE family  33.75 
 
 		 81 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 69 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1992  transcriptional regulator, XRE family  33.75 
 
 		 81 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 78 aa  52  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  45.76 
 
 		 68 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 120 aa  51.2  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 78 aa  51.2  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1868  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 81 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  45.76 
 
 		 80 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  33.87 
 
 		 154 aa  51.2  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 75 aa  50.8  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  41.67 
 
 		 77 aa  50.4  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  41.67 
 
 		 77 aa  50.4  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 76 aa  50.4  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 78 aa  50.4  0.000009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 78 aa  50.4  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 76 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 77 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 74 aa  50.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 120 aa  49.7  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  33.75 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 78 aa  49.7  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 78 aa  49.7  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 76 aa  48.9  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  39.24 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  32.26 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  32.26 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  40 
 
 		 87 aa  47.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 112 aa  47.8  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  31.75 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  32.26 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  32.26 
 
 		 181 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 181 aa  47.8  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  32.26 
 
 		 181 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  35.44 
 
 		 93 aa  47.8  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  35.59 
 
 		 69 aa  47.4  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 76 aa  47.4  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 75 aa  47  0.00009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 110 aa  47  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 85 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  42.31 
 
 		 178 aa  46.6  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2458  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 72 aa  47  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282719  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 74 aa  46.2  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 181 aa  46.2  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  30.16 
 
 		 181 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 390 aa  45.4  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 87 aa  45.4  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  29.58 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 333 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 90 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 333 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 90 aa  44.7  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 90 aa  45.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 81 aa  44.3  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 185 aa  44.3  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 185 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 71 aa  43.9  0.0008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 71 aa  43.9  0.0008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0127  DNA-binding protein  34.92 
 
 		 104 aa  43.9  0.0009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.797375  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>