73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2350 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 91 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  49.43 
 
 		 91 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  48.28 
 
 		 94 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  54.93 
 
 		 90 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 110 aa  78.6  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 101 aa  75.5  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  47.13 
 
 		 97 aa  75.9  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  47.13 
 
 		 97 aa  75.5  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 97 aa  75.9  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  47.13 
 
 		 97 aa  75.5  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  48.81 
 
 		 98 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 101 aa  75.5  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  48.28 
 
 		 96 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 97 aa  73.9  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  45.98 
 
 		 96 aa  73.6  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 95 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 96 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36020  Transcriptional regulator Cro/CI-like protein  51.47 
 
 		 78 aa  67  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4814  XRE family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 82 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  48.53 
 
 		 78 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0043  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 98 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  49.15 
 
 		 117 aa  60.5  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3625  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 95 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  39.08 
 
 		 107 aa  57  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 70 aa  51.6  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 84 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 146 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 93 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 90 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 84 aa  45.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 83 aa  45.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  33.82 
 
 		 154 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 90 aa  45.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 70 aa  45.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 100 aa  45.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 91 aa  44.7  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 102 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 67 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 81 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 72 aa  43.5  0.0009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 90 aa  42.7  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 78 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 68 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 79 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 178 aa  42.7  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 		 76 aa  42  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 81 aa  42  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 76 aa  42  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 57 aa  42  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 212 aa  41.6  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  29.11 
 
 		 105 aa  41.6  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 233 aa  41.2  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 154 aa  41.6  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 87 aa  41.2  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 90 aa  40.8  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 233 aa  41.2  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 78 aa  40.8  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 78 aa  40.8  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4568  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 143 aa  40.4  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0923451  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  32.88 
 
 		 90 aa  40  0.01  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 84 aa  40  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>