113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0716 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  100 
 
 		 90 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 91 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  54.93 
 
 		 91 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  44.71 
 
 		 94 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  49.33 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 101 aa  70.9  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  46.67 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  54.69 
 
 		 101 aa  70.1  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  53.97 
 
 		 97 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  41.46 
 
 		 98 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  55.56 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3625  XRE family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 98 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 97 aa  69.3  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 95 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  53.97 
 
 		 97 aa  69.3  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 110 aa  67.4  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0043  XRE family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 98 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 97 aa  66.2  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  48.44 
 
 		 117 aa  63.9  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4814  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 82 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  54 
 
 		 78 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36020  Transcriptional regulator Cro/CI-like protein  42.65 
 
 		 78 aa  56.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  31.76 
 
 		 146 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  38.55 
 
 		 107 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 95 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  41.18 
 
 		 154 aa  50.8  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 78 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 72 aa  49.3  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 72 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 76 aa  48.1  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 84 aa  48.1  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 90 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 84 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 70 aa  47.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 252 aa  47.4  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 106 aa  47  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0167  helix-turn-helix/TPR domain-containing protein  43.14 
 
 		 421 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0295  helix-turn-helix/TPR domain protein  43.14 
 
 		 421 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 57 aa  45.1  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 96 aa  45.1  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 154 aa  45.1  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 78 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 90 aa  43.9  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 67 aa  43.9  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  49.09 
 
 		 76 aa  43.5  0.0009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 91 aa  43.5  0.0009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 102 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 67 aa  42.7  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 184 aa  43.5  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 90 aa  43.5  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5705  transcriptional regulator, XRE family  49.02 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.712971 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 77 aa  42.7  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 81 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5917  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.88 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.19317  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  32.53 
 
 		 256 aa  42.4  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 70 aa  42.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  37.31 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  38.46 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4828  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 123 aa  42.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5312  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 148 aa  42.4  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  36.25 
 
 		 194 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 76 aa  42  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 230 aa  42  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 104 aa  41.6  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 74 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 112 aa  42  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5877  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00666894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 122 aa  41.2  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 91 aa  40.8  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 83 aa  41.2  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  35.94 
 
 		 113 aa  40.8  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 90 aa  40.8  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 94 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  41.38 
 
 		 68 aa  40.8  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 76 aa  40.8  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 83 aa  40.8  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 76 aa  40.8  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  32.5 
 
 		 143 aa  40.8  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06770  predicted transcriptional regulator  28 
 
 		 106 aa  40.8  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>