More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2403 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 75 aa  157  5e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  50.68 
 
 		 79 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 		 93 aa  70.9  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  50.77 
 
 		 87 aa  68.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  44.93 
 
 		 80 aa  68.2  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  49.21 
 
 		 82 aa  67.8  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 230 aa  65.9  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  47.3 
 
 		 78 aa  64.7  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 76 aa  64.7  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 113 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 74 aa  61.6  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 79 aa  61.6  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  41.79 
 
 		 77 aa  60.8  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  45.61 
 
 		 67 aa  60.5  0.000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 		 85 aa  60.1  0.000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 72 aa  58.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 76 aa  58.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 57 aa  58.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 78 aa  57  0.00000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 72 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  44.44 
 
 		 77 aa  56.2  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  44.44 
 
 		 77 aa  56.2  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  38.03 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 78 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  35.21 
 
 		 81 aa  55.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 85 aa  55.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 86 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 78 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  38.57 
 
 		 154 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 78 aa  54.7  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 78 aa  54.7  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 82 aa  54.7  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 74 aa  54.7  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 76 aa  54.3  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 78 aa  54.3  0.0000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 72 aa  54.3  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.33 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 76 aa  54.3  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 75 aa  53.9  0.0000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 120 aa  53.9  0.0000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 78 aa  53.9  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 86 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 73 aa  53.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 91 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 76 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 76 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  48.98 
 
 		 86 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  40 
 
 		 87 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  40 
 
 		 84 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 76 aa  52.4  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 100 aa  52.8  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 83 aa  51.2  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 73 aa  51.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  41.38 
 
 		 72 aa  51.6  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 73 aa  51.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 72 aa  50.8  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 154 aa  51.2  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 94 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  44.64 
 
 		 94 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 94 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 94 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 84 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 74 aa  50.8  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 94 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 94 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.25 
 
 		 80 aa  50.8  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4907  helix-turn-helix domain protein  34.67 
 
 		 85 aa  50.8  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0998227 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  39.06 
 
 		 88 aa  50.4  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 91 aa  50.4  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 75 aa  50.4  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 77 aa  50.4  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 80 aa  50.1  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 76 aa  50.1  0.000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 94 aa  50.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 72 aa  50.1  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  35.62 
 
 		 189 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 390 aa  50.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 183 aa  50.1  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  38.46 
 
 		 191 aa  49.3  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 84 aa  48.9  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  30.99 
 
 		 196 aa  48.9  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 74 aa  48.9  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 207 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 193 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 78 aa  48.5  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 101 aa  48.1  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03340  predicted transcriptional regulator  37.31 
 
 		 190 aa  48.5  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>