More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1219 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 		 75 aa  152  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 87 aa  66.2  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  46.77 
 
 		 80 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 86 aa  63.9  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  48.53 
 
 		 81 aa  62.8  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 74 aa  62.8  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 71 aa  63.2  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 71 aa  63.2  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 76 aa  62.8  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 69 aa  62  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 76 aa  60.5  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 76 aa  60.5  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  45.16 
 
 		 72 aa  60.1  0.000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 85 aa  59.7  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  44.26 
 
 		 113 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 86 aa  58.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 86 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  41.27 
 
 		 90 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  48.39 
 
 		 80 aa  58.5  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  45 
 
 		 72 aa  57  0.00000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  37.68 
 
 		 77 aa  57  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  37.31 
 
 		 67 aa  57  0.00000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 88 aa  57  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 84 aa  57  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 76 aa  56.2  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1328  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 174 aa  56.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000725972  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 110 aa  56.6  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 81 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4529  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 93 aa  55.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 93 aa  55.1  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 72 aa  54.7  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 78 aa  54.7  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 77 aa  54.3  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 230 aa  54.3  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  42.47 
 
 		 82 aa  54.3  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 72 aa  54.3  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  46.88 
 
 		 81 aa  53.9  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 84 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  43.55 
 
 		 113 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  40.58 
 
 		 88 aa  53.9  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2016  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 93 aa  53.9  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 120 aa  53.9  0.0000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 70 aa  53.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 71 aa  53.9  0.0000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 105 aa  53.5  0.0000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 101 aa  53.1  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 81 aa  53.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1992  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 260 aa  53.5  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1868  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2077  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 79 aa  53.5  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 192 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 76 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  40.3 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 73 aa  52.4  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 74 aa  52.8  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2264  conjugal transfer protein TrbA  39.06 
 
 		 118 aa  52.4  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000287063  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 76 aa  52.4  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  40 
 
 		 88 aa  51.6  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 78 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 79 aa  52  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 192 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 333 aa  51.6  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 97 aa  51.6  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 333 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 81 aa  51.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 93 aa  51.2  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 190 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 190 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  40.32 
 
 		 69 aa  50.8  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 78 aa  50.4  0.000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  45.16 
 
 		 67 aa  50.4  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 145 aa  50.8  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 81 aa  50.4  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 74 aa  50.4  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 68 aa  50.1  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 68 aa  50.1  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 190 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  40.32 
 
 		 75 aa  50.1  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 306 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 190 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 190 aa  49.7  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1221  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 173 aa  49.7  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000921846 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 190 aa  49.7  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>