More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2349 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  100 
 
 		 69 aa  137  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  70.15 
 
 		 70 aa  97.8  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3420  transcriptional regulator, XRE family protein  68.66 
 
 		 68 aa  95.1  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  69.23 
 
 		 68 aa  93.6  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  65.67 
 
 		 68 aa  92  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  65.67 
 
 		 68 aa  92  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  67.16 
 
 		 68 aa  92.8  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  68.66 
 
 		 68 aa  91.3  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  68.66 
 
 		 68 aa  91.3  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  61.19 
 
 		 68 aa  89  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 75 aa  85.5  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 81 aa  85.1  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  63.64 
 
 		 73 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 74 aa  76.3  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  46.27 
 
 		 69 aa  66.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  51.61 
 
 		 81 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  45.9 
 
 		 86 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 90 aa  62  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 80 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  43.55 
 
 		 87 aa  57.4  0.00000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  43.55 
 
 		 84 aa  57.4  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 132 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 71 aa  55.5  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 81 aa  55.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08540  predicted transcriptional regulator  46.67 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102347 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 104 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 81 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 69 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 81 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  38.33 
 
 		 245 aa  54.3  0.0000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 86 aa  53.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  40 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  37.31 
 
 		 77 aa  52.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 81 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 81 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 81 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 81 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  40 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 390 aa  51.6  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 176 aa  52  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  35.29 
 
 		 107 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 72 aa  51.2  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2402  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 152 aa  51.6  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314707  normal  0.620084 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 72 aa  51.2  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 79 aa  51.6  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 97 aa  51.2  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  37.88 
 
 		 72 aa  50.8  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 85 aa  51.2  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  41.27 
 
 		 652 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2922  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 114 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 83 aa  50.8  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  40.32 
 
 		 75 aa  50.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 98 aa  50.8  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 112 aa  50.4  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 140 aa  49.7  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.16 
 
 		 80 aa  49.7  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 76 aa  50.1  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5414  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 92 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.207419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 75 aa  50.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 76 aa  50.1  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5594  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 92 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3294  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 114 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.600359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 112 aa  49.7  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.76 
 
 		 129 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 85 aa  49.7  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  45 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 128 aa  48.9  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2793  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 108 aa  49.3  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236555  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 88 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 75 aa  48.5  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  32.26 
 
 		 82 aa  48.9  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 120 aa  48.5  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 183 aa  48.5  0.00003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 109 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 77 aa  48.5  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 131 aa  48.5  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0885  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 83 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 74 aa  47.8  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 131 aa  47.8  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 99 aa  47.8  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 101 aa  47.4  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 86 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>