More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4237 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
140 aa  277  4e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  64.12 
 
 
131 aa  157  6e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6836  transcriptional regulator, XRE family  50.7 
 
 
199 aa  120  5e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5705  transcriptional regulator, XRE family  49.59 
 
 
139 aa  114  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.712971 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4456  transcriptional regulator, XRE family  58.68 
 
 
147 aa  112  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5877  transcriptional regulator, XRE family  53.66 
 
 
133 aa  101  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00666894  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0063  transcriptional regulator, XRE family  46.62 
 
 
137 aa  84.3  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0973127 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6835  transcriptional regulator, XRE family  37.41 
 
 
144 aa  83.2  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0579  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
70 aa  75.9  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00759938  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1224  transcriptional regulator, XRE family  47.95 
 
 
79 aa  72.4  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0288237  hitchhiker  0.00260767 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0570  transcriptional regulator, XRE family  47.95 
 
 
79 aa  72.4  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.532171 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1190  transcriptional regulator, XRE family  47.95 
 
 
79 aa  71.6  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1091  transcriptional regulator, XRE family  47.95 
 
 
79 aa  71.6  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6461  transcriptional regulator, XRE family  52.17 
 
 
137 aa  66.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2893  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 
70 aa  62.4  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0147391  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0731  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 
70 aa  62  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.228536  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0677  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 
70 aa  61.6  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.44 
 
 
120 aa  60.8  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2822  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 
80 aa  58.2  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.161107  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.57 
 
 
119 aa  56.6  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
187 aa  53.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 
123 aa  52  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  37.1 
 
 
255 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 
115 aa  51.2  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 
188 aa  51.2  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 
187 aa  51.2  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 
106 aa  51.2  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 
118 aa  51.2  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 
112 aa  50.8  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 
186 aa  51.2  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  27.35 
 
 
188 aa  50.4  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  27.68 
 
 
191 aa  50.4  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 
191 aa  50.4  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 
99 aa  50.4  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 
191 aa  50.4  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  40.32 
 
 
80 aa  50.1  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
91 aa  50.1  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 
191 aa  50.1  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 
188 aa  50.4  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
72 aa  50.1  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0671372 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.4 
 
 
178 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  26.4 
 
 
178 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  26.4 
 
 
178 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  26.4 
 
 
178 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  35.8 
 
 
123 aa  50.1  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  33.33 
 
 
114 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 
178 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 
198 aa  49.7  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
101 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  33.33 
 
 
114 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  26.4 
 
 
178 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 
78 aa  50.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 
191 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  26.4 
 
 
178 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2793  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
108 aa  50.1  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236555  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 
117 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1900  transcriptional regulator, XRE family  33.75 
 
 
104 aa  49.3  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.43236e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2780  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 
152 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0182016  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0073  DNA-binding protein  41.27 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  35.29 
 
 
69 aa  48.9  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
72 aa  49.3  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0074  DNA-binding protein  41.27 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0070  transcriptional regulator  41.27 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  34.02 
 
 
210 aa  49.3  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0070  transcriptional regulator  41.27 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  26.4 
 
 
178 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  28.91 
 
 
191 aa  48.9  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  27.68 
 
 
191 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0083  DNA-binding protein  41.27 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000440854 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0074  DNA-binding protein  41.27 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 
84 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 
97 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
204 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 
374 aa  49.3  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 
191 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0086  DNA-binding protein  41.27 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.786766  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
95 aa  49.3  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
72 aa  49.7  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2410  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 
141 aa  49.3  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000774173  normal  0.481646 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 
99 aa  48.5  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0075  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
73 aa  48.5  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5234  DNA-binding protein  41.27 
 
 
67 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000302998 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 
176 aa  48.1  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1221  XRE family transcriptional regulator  29.91 
 
 
173 aa  48.1  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000921846 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2458  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
72 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282719  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  31.34 
 
 
112 aa  47.8  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 
99 aa  47.8  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 
259 aa  47.8  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  35.9 
 
 
99 aa  47.8  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  34.85 
 
 
248 aa  47.8  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 
97 aa  47.8  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0072  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
73 aa  47.8  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3931  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
253 aa  47.4  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.183179  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1419  Cro/CI family transcriptional regulator  31.78 
 
 
142 aa  47.4  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 
110 aa  47.4  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 
115 aa  47.4  0.00007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 
115 aa  47.4  0.00007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 
234 aa  47.4  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  43.33 
 
 
383 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.862285 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>