More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0695 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 101 aa  202  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  92.08 
 
 		 99 aa  183  6e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  91.09 
 
 		 99 aa  182  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  91.09 
 
 		 99 aa  182  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  88.12 
 
 		 101 aa  182  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  76.04 
 
 		 98 aa  148  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  68.04 
 
 		 97 aa  134  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  73.63 
 
 		 102 aa  134  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 97 aa  132  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  65.98 
 
 		 97 aa  129  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  69.15 
 
 		 97 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  69.23 
 
 		 107 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  68.13 
 
 		 99 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  67.03 
 
 		 106 aa  124  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  63.92 
 
 		 97 aa  122  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  66.32 
 
 		 97 aa  121  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  55.43 
 
 		 131 aa  114  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 104 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 81 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 81 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  49.23 
 
 		 68 aa  62.4  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 81 aa  62  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  44.74 
 
 		 81 aa  61.6  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 74 aa  61.6  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 81 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  41.98 
 
 		 90 aa  61.2  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  44.44 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 93 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 86 aa  60.5  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 		 81 aa  60.1  0.000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 91 aa  58.2  0.00000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  38.96 
 
 		 88 aa  57.8  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 68 aa  57  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 68 aa  57  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  43.08 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 91 aa  56.6  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3420  transcriptional regulator, XRE family protein  43.08 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 72 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  45.16 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 91 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 81 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 68 aa  54.3  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  41.67 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  27.06 
 
 		 112 aa  53.5  0.0000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 90 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  38.16 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 66 aa  52.4  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  42.19 
 
 		 81 aa  52.8  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 188 aa  52.8  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2016  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 93 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 73 aa  51.6  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  40 
 
 		 248 aa  52  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 		 69 aa  52  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 73 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.07 
 
 		 119 aa  51.6  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 73 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 224 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 81 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2410  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 141 aa  50.8  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000774173  normal  0.481646 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 120 aa  50.4  0.000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 85 aa  50.4  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  41.27 
 
 		 190 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.07 
 
 		 120 aa  49.7  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  41.27 
 
 		 190 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  37.7 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 202 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 79 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 93 aa  49.3  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 189 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 94 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 93 aa  49.7  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  42.11 
 
 		 75 aa  48.5  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 85 aa  48.5  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  41.67 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 207 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 86 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 259 aa  47.8  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1786  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 82 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.365144  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  32.39 
 
 		 200 aa  47.4  0.00006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 76 aa  47.4  0.00006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 209 aa  47.4  0.00006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 78 aa  47.8  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 107 aa  47.8  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  38.33 
 
 		 69 aa  47.4  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 71 aa  47.4  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  39.68 
 
 		 190 aa  47.4  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  39.68 
 
 		 190 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  39.68 
 
 		 190 aa  47.4  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>