More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2401 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 97 aa  194  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  89.58 
 
 		 97 aa  173  9e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  80.41 
 
 		 106 aa  159  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  83.52 
 
 		 99 aa  154  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  65.93 
 
 		 97 aa  125  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  65.62 
 
 		 101 aa  121  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  66.32 
 
 		 101 aa  121  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  65.93 
 
 		 99 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  65.59 
 
 		 98 aa  118  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  65.93 
 
 		 99 aa  118  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  65.93 
 
 		 99 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  61.7 
 
 		 102 aa  110  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  58.24 
 
 		 107 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 97 aa  107  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 97 aa  107  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  56.99 
 
 		 97 aa  105  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 131 aa  93.2  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 81 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 81 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  39.73 
 
 		 88 aa  58.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 81 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  41.79 
 
 		 72 aa  58.5  0.00000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  41.79 
 
 		 72 aa  58.2  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 81 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 104 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  48.39 
 
 		 81 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 67 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 81 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 81 aa  54.7  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  44.62 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  42.42 
 
 		 70 aa  54.3  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 93 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 81 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  36.84 
 
 		 81 aa  53.5  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 79 aa  52.8  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 74 aa  53.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 197 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 90 aa  51.6  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1091  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 		 79 aa  51.6  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 85 aa  52  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 215 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 207 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 81 aa  50.8  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1190  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 79 aa  51.2  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 86 aa  50.8  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 76 aa  50.4  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 86 aa  50.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  38.71 
 
 		 154 aa  50.4  0.000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0082  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 67 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 91 aa  49.7  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4456  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 147 aa  50.1  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 218 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 120 aa  50.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 176 aa  49.7  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 71 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 71 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1224  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 79 aa  49.7  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0288237  hitchhiker  0.00260767 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0570  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 79 aa  50.1  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.532171 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  43.33 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5234  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302998 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 90 aa  50.1  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  38.1 
 
 		 68 aa  49.3  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0073  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0074  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 140 aa  48.9  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0070  transcriptional regulator  36.51 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0070  transcriptional regulator  36.51 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  32.53 
 
 		 93 aa  49.3  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0074  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 201 aa  49.3  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0086  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.786766  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 210 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 202 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  36.62 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0083  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000440854 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5877  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00666894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0070  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  28.38 
 
 		 112 aa  48.5  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0075  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 73 aa  48.9  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 203 aa  48.5  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>