277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0455 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 84 aa  169  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 85 aa  78.2  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 102 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  43.24 
 
 		 215 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 218 aa  53.5  0.0000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  36.11 
 
 		 90 aa  53.1  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 91 aa  51.2  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 83 aa  51.2  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 79 aa  50.8  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 69 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 69 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 69 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 93 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  40.32 
 
 		 188 aa  50.4  0.000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 176 aa  50.8  0.000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 68 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 218 aa  50.1  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 333 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2752  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 113 aa  48.9  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  44.62 
 
 		 184 aa  48.9  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 333 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  35.71 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 182 aa  48.5  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 806 aa  48.9  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 75 aa  48.1  0.00004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 84 aa  48.1  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 		 194 aa  48.1  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  34.78 
 
 		 114 aa  47.8  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  34.78 
 
 		 114 aa  47.8  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  43.14 
 
 		 91 aa  47.8  0.00006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  32.5 
 
 		 124 aa  47.4  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  41.07 
 
 		 188 aa  47  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 80 aa  47  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  47  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 199 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 208 aa  47  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 208 aa  47  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 208 aa  47  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 85 aa  47  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 72 aa  47  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 182 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 182 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 182 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  37.7 
 
 		 182 aa  46.6  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  40.24 
 
 		 297 aa  46.2  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3637  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 757 aa  46.2  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 203 aa  46.6  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 182 aa  46.2  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4035  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 80 aa  46.2  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.193941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 82 aa  46.6  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 371 aa  46.2  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 182 aa  46.2  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 182 aa  45.4  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 199 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.29 
 
 		 199 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 182 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 77 aa  46.2  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  36.07 
 
 		 182 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 182 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 99 aa  45.4  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 224 aa  45.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 182 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 182 aa  45.8  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  36.07 
 
 		 182 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1242  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 432 aa  45.4  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0223131 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  33.82 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 300 aa  45.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 184 aa  45.4  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  37.1 
 
 		 87 aa  45.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 213 aa  45.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  33.82 
 
 		 72 aa  45.1  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  35.71 
 
 		 209 aa  45.1  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 81 aa  45.1  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 100 aa  45.1  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 		 107 aa  45.1  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 188 aa  45.1  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 89 aa  44.7  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 99 aa  44.7  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  33.33 
 
 		 99 aa  44.7  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  40.68 
 
 		 189 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>