298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0540 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 90 aa  178  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 		 90 aa  127  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  53.41 
 
 		 89 aa  91.7  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  74.14 
 
 		 94 aa  91.3  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  74.14 
 
 		 94 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  74.14 
 
 		 94 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  74.14 
 
 		 94 aa  91.3  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  74.14 
 
 		 94 aa  91.3  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  74.14 
 
 		 94 aa  91.3  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  72.88 
 
 		 94 aa  90.9  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 73 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 73 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 73 aa  84.3  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  67.8 
 
 		 91 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  67.24 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  52 
 
 		 81 aa  75.1  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  48.39 
 
 		 101 aa  60.5  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 79 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 90 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 78 aa  57.8  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  40.85 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 83 aa  55.8  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1190  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 		 79 aa  55.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1091  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 		 79 aa  55.1  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 75 aa  55.1  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 71 aa  54.7  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1224  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 		 79 aa  54.3  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0288237  hitchhiker  0.00260767 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 84 aa  53.9  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 70 aa  53.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  42.37 
 
 		 77 aa  53.5  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 85 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 69 aa  52.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 69 aa  52.8  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 69 aa  52.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 255 aa  52.8  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 76 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 74 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 76 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  40.91 
 
 		 68 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 76 aa  52.4  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 135 aa  52  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 131 aa  51.6  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 110 aa  52  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  28.05 
 
 		 137 aa  51.2  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 233 aa  51.6  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 233 aa  51.6  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 74 aa  51.2  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 57 aa  50.8  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  45.76 
 
 		 255 aa  50.8  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  43.94 
 
 		 80 aa  50.8  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 72 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 106 aa  50.8  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 78 aa  50.8  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 78 aa  50.8  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 68 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 81 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 68 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 68 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0570  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 79 aa  50.4  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.532171 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 390 aa  50.4  0.000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 85 aa  50.1  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4776  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 111 aa  50.1  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0811435  normal  0.544838 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5877  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 133 aa  50.1  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00666894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 131 aa  49.7  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 97 aa  50.1  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4456  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 147 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3387  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 93 aa  49.3  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  37.88 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 112 aa  48.9  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 		 80 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 97 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 97 aa  48.9  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  43.33 
 
 		 70 aa  48.9  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 106 aa  48.9  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  38.57 
 
 		 90 aa  49.3  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4032  prophage LambdaBa02, repressor protein  32.05 
 
 		 114 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00194689  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 99 aa  48.5  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 91 aa  48.9  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 97 aa  47.8  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 90 aa  47.8  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 256 aa  48.1  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.28 
 
 		 129 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 115 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 85 aa  48.1  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  40.32 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  37.68 
 
 		 107 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_002936  DET0873  DNA-binding protein, putative  37.31 
 
 		 222 aa  47.4  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 72 aa  47.4  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  41.18 
 
 		 154 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>