221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_5877 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_5877  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 133 aa  262  1e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00666894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6836  transcriptional regulator, XRE family  63.2 
 
 		 199 aa  141  4e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4456  transcriptional regulator, XRE family  62.7 
 
 		 147 aa  129  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0063  transcriptional regulator, XRE family  60.16 
 
 		 137 aa  117  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0973127 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  53.66 
 
 		 140 aa  109  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5705  transcriptional regulator, XRE family  48.78 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.712971 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  45.93 
 
 		 131 aa  96.3  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6461  transcriptional regulator, XRE family  66.67 
 
 		 137 aa  89.7  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6835  transcriptional regulator, XRE family  44.63 
 
 		 144 aa  87.8  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1190  transcriptional regulator, XRE family  52.78 
 
 		 79 aa  80.9  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1091  transcriptional regulator, XRE family  52.78 
 
 		 79 aa  80.9  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0570  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 79 aa  78.2  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.532171 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1224  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 79 aa  78.2  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0288237  hitchhiker  0.00260767 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0579  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 70 aa  73.9  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00759938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0731  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 70 aa  68.6  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.228536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0677  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 70 aa  68.2  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2893  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 70 aa  67.8  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0147391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2822  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 80 aa  63.9  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.161107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  51.35 
 
 		 119 aa  63.9  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6604  transcriptional regulator, XRE family  36.75 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.608837  normal  0.251603 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 106 aa  51.2  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 115 aa  50.8  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 106 aa  49.7  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  37.68 
 
 		 90 aa  50.1  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  41.79 
 
 		 204 aa  48.9  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 97 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 208 aa  48.9  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 191 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 91 aa  48.9  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 191 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 191 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 191 aa  48.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  37.08 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  37.08 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 204 aa  47.8  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  37.08 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  37.08 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  37.08 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  37.08 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  31.65 
 
 		 255 aa  47.8  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0841  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 129 aa  47.8  0.00006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000196105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 75 aa  47.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0039  PbsX family transcriptional regulator  40 
 
 		 111 aa  47  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.81047  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 211 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 112 aa  46.6  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 191 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  35.38 
 
 		 191 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2780  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 152 aa  46.2  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0182016  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 117 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 211 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5384  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 185 aa  45.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.840154  normal  0.424249 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 197 aa  45.4  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 300 aa  45.4  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 175 aa  46.2  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  32 
 
 		 144 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 200 aa  45.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1419  Cro/CI family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3464  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 185 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4279  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 185 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 73 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4902  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 185 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.634753 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4807  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 185 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 73 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 73 aa  45.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 128 aa  45.1  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  38.96 
 
 		 188 aa  45.1  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 196 aa  45.1  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 187 aa  44.7  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  37.04 
 
 		 327 aa  44.3  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1221  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 173 aa  44.3  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000921846 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4776  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 111 aa  44.3  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0811435  normal  0.544838 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9804  helix turn helix transcriptional regulator  33.65 
 
 		 160 aa  43.9  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  39.71 
 
 		 383 aa  43.9  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 190 aa  43.9  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0803  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 185 aa  43.9  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 256 aa  43.9  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 179 aa  43.5  0.0009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 76 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0650  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4781  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00061071  normal  0.699893 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 190 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 128 aa  43.5  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2402  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 152 aa  43.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314707  normal  0.620084 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 190 aa  42.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 161 aa  43.5  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  32.5 
 
 		 218 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3720  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 200 aa  42.7  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.310668  normal  0.0265405 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 234 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 161 aa  43.5  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 182 aa  43.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 193 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6378  XRE family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 165 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>