285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3490 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 76 aa  152  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 76 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 76 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 75 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  57.58 
 
 		 77 aa  75.9  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  57.58 
 
 		 72 aa  75.9  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  56.45 
 
 		 76 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  53.12 
 
 		 76 aa  68.2  0.00000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  56.45 
 
 		 76 aa  67.8  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  49.21 
 
 		 85 aa  67  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 70 aa  65.9  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 79 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  45.45 
 
 		 72 aa  62.4  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 79 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.59 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 72 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 230 aa  60.8  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 72 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  43.94 
 
 		 72 aa  60.8  0.000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  58.33 
 
 		 74 aa  60.1  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 81 aa  60.1  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 86 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 78 aa  59.3  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 101 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 86 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 81 aa  57  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 71 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  43.33 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  40.3 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 83 aa  56.2  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 71 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 78 aa  56.6  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  37.68 
 
 		 70 aa  56.6  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  44.78 
 
 		 75 aa  55.1  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  43.48 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 112 aa  55.5  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 154 aa  54.7  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  38.81 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  38.81 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  38.81 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  38.81 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  38.81 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 81 aa  54.3  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 77 aa  54.3  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  38.81 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 94 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 333 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 67 aa  53.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 333 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 81 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.19 
 
 		 81 aa  52.8  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 107 aa  51.6  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 91 aa  51.2  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 78 aa  51.2  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 69 aa  51.6  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 76 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  41.79 
 
 		 81 aa  51.2  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  44.07 
 
 		 185 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 76 aa  51.2  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 72 aa  51.2  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 81 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 85 aa  50.4  0.000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  43.08 
 
 		 77 aa  50.4  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  43.08 
 
 		 77 aa  50.4  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 73 aa  50.1  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  33.33 
 
 		 84 aa  50.1  0.000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 84 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 73 aa  50.1  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 73 aa  50.1  0.000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 75 aa  50.1  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 185 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 185 aa  49.7  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  42.37 
 
 		 185 aa  49.7  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  42.37 
 
 		 185 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 185 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  33.33 
 
 		 87 aa  50.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 390 aa  50.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 185 aa  49.7  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  36.11 
 
 		 73 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 84 aa  49.7  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 185 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 112 aa  49.3  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1992  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 81 aa  48.9  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 83 aa  48.5  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 205 aa  48.5  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1868  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2077  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 81 aa  48.9  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 90 aa  48.1  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>