More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0888 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 67 aa  132  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  52.38 
 
 		 77 aa  72.4  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 105 aa  61.6  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  49.12 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0320  helix-turn-helix domain-containing protein  45.76 
 
 		 61 aa  55.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.222934  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 74 aa  55.5  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 187 aa  55.1  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0285  XRE family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 74 aa  54.7  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.17528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 218 aa  54.3  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0890  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 77 aa  54.7  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 88 aa  53.5  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 230 aa  53.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 187 aa  52.8  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 218 aa  52.8  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  42.62 
 
 		 185 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0023  transcriptional regulator  44.64 
 
 		 87 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1714  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000253714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 71 aa  52.4  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 79 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 78 aa  52  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 96 aa  51.6  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 642 aa  51.6  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 185 aa  51.6  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  40.98 
 
 		 185 aa  51.6  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  40.98 
 
 		 185 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 185 aa  51.6  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0153  transcriptional regulator  40 
 
 		 64 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 185 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 81 aa  51.2  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 137 aa  51.2  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 191 aa  51.2  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 191 aa  51.2  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 67 aa  51.6  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 191 aa  51.2  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 63 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 185 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 256 aa  51.2  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 194 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 188 aa  50.4  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 178 aa  50.4  0.000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  38.33 
 
 		 383 aa  50.4  0.000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 185 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0162  hypothetical protein  44.64 
 
 		 64 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08540  predicted transcriptional regulator  38.33 
 
 		 76 aa  50.4  0.000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102347 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 192 aa  50.4  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 57 aa  50.4  0.000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  40.62 
 
 		 75 aa  49.7  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 205 aa  49.7  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 108 aa  50.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 209 aa  50.1  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 191 aa  50.1  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  49.09 
 
 		 255 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 117 aa  48.9  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 178 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 178 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 191 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 69 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 181 aa  48.9  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 178 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 178 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  36.36 
 
 		 178 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 69 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 209 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 183 aa  49.3  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 191 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 179 aa  48.9  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0810  transcriptional regulator  40.68 
 
 		 79 aa  48.9  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0185254  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 185 aa  49.3  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 213 aa  49.3  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 178 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 178 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 188 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  48.9  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 178 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 191 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 69 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 210 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  36.67 
 
 		 652 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 195 aa  48.1  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1184  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.410956  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 182 aa  48.5  0.00003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 192 aa  48.5  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 190 aa  48.9  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 255 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 79 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 200 aa  48.5  0.00003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1478  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  41.94 
 
 		 88 aa  48.1  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 516 aa  48.1  0.00004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 191 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 90 aa  47.8  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 178 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 143 aa  47.8  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  41.07 
 
 		 70 aa  47.8  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 184 aa  47.8  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>