More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0586 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 134 aa  266  5.9999999999999995e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  44.16 
 
 		 145 aa  62  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 218 aa  62  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 63 aa  62  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  45.16 
 
 		 72 aa  60.5  0.000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 83 aa  59.7  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  44.74 
 
 		 77 aa  58.5  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1938  hypothetical protein  47.06 
 
 		 73 aa  58.9  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211711  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  41.05 
 
 		 217 aa  57.8  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  41.05 
 
 		 217 aa  57.8  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  41.05 
 
 		 217 aa  57.8  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 218 aa  58.2  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 179 aa  58.2  0.00000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 190 aa  57.4  0.00000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  50.85 
 
 		 84 aa  57.4  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  44.26 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  42.67 
 
 		 207 aa  57.4  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 201 aa  57  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 101 aa  56.6  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 67 aa  55.5  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1460  molybdate metabolism transcriptional regulator  45.61 
 
 		 368 aa  55.5  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 106 aa  56.2  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 91 aa  55.1  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 70 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 183 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 183 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0162  XRE family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 77 aa  54.3  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 67 aa  54.3  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 183 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 189 aa  54.3  0.0000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 81 aa  54.3  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0370  transcriptional regulator  38.75 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 183 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 209 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1497  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 71 aa  53.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.764708  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1108  hypothetical protein  50 
 
 		 84 aa  53.5  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 71 aa  53.5  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 210 aa  53.1  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0152  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 93 aa  53.5  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 171 aa  53.1  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 183 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 71 aa  53.5  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 76 aa  52.8  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 189 aa  53.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 516 aa  52.8  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 182 aa  52.8  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 187 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 105 aa  52  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 90 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 79 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3154  protein of unknown function UPF0150  46 
 
 		 68 aa  52  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0271385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2942  protein of unknown function UPF0150  46 
 
 		 68 aa  52  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  52.4  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1714  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000253714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 178 aa  52.4  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  34.25 
 
 		 189 aa  52.8  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 199 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 189 aa  52.4  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  28.68 
 
 		 189 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 190 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0689  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 63 aa  52.8  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 84 aa  52.8  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0501  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 68 aa  52.4  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  28.68 
 
 		 183 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1666  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 64 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0346  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  42.11 
 
 		 377 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.03 
 
 		 129 aa  51.6  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2115  protein of unknown function UPF0150  47.06 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 195 aa  51.6  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0207  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 63 aa  52  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 204 aa  52  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  33.33 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 256 aa  51.2  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 215 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2025  aldehyde dehydrogenase-like protein  34.29 
 
 		 189 aa  51.2  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 182 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2033  hypothetical protein  41.67 
 
 		 64 aa  51.6  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  37.88 
 
 		 182 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 213 aa  51.2  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 182 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  37.88 
 
 		 182 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>