173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0810 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_0810  transcriptional regulator  100 
 
 		 79 aa  160  4.0000000000000004e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0185254  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08540  predicted transcriptional regulator  42.65 
 
 		 76 aa  56.6  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102347 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  45.9 
 
 		 182 aa  54.3  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3341  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 217 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2965  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 224 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.598952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 134 aa  50.1  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 67 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  40.32 
 
 		 192 aa  49.3  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 72 aa  49.3  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  40.98 
 
 		 245 aa  48.5  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  42.37 
 
 		 383 aa  47.8  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 87 aa  47.4  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 189 aa  47  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0890  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 77 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  38.46 
 
 		 209 aa  45.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4713  transcriptional regulator  40 
 
 		 75 aa  45.4  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0830303  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4729  transcriptional regulator  40 
 
 		 75 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.693705  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 89 aa  45.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5112  hypothetical protein  40 
 
 		 75 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 205 aa  45.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 84 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 190 aa  45.4  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5148  hypothetical protein  40 
 
 		 75 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.33566  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 188 aa  45.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 516 aa  45.4  0.0002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 189 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1025  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 71 aa  45.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5640  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 64 aa  46.2  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731345  normal  0.328925 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5696  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 66 aa  45.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.0346696 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11150  putative transcriptional regulator  33.93 
 
 		 68 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00242881  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 171 aa  45.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 188 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 79 aa  44.7  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 76 aa  45.1  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  41.51 
 
 		 69 aa  44.7  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4776  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 111 aa  44.3  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0811435  normal  0.544838 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  35.59 
 
 		 192 aa  44.3  0.0005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  31.94 
 
 		 517 aa  44.7  0.0005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 198 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 322 aa  44.3  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 189 aa  44.3  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 63 aa  43.9  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 192 aa  43.9  0.0007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0207  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 63 aa  43.9  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  38.98 
 
 		 192 aa  43.5  0.0009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  35.71 
 
 		 92 aa  42.7  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02797  helix-turn-helix, putative  39.62 
 
 		 62 aa  43.5  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1409  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.503834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 204 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 182 aa  43.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 192 aa  43.1  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 124 aa  43.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1649  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 80 aa  43.5  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 188 aa  42.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0009  HTH-type transcriptional regulator SinR  42.11 
 
 		 60 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 224 aa  43.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  32.08 
 
 		 183 aa  43.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 201 aa  42.7  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  35.71 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  35.71 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  35.71 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 67 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  32.81 
 
 		 232 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1604  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 175 aa  42.7  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000175154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 208 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4511  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 64 aa  42.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11449  normal  0.768311 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 188 aa  42.4  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 528 aa  42.7  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  33.82 
 
 		 203 aa  42.7  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 191 aa  42.4  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 81 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  35.09 
 
 		 175 aa  42.4  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 364 aa  42.7  0.002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1497  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.764708  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  34.92 
 
 		 72 aa  42  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  34.92 
 
 		 72 aa  42  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 201 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  26.47 
 
 		 190 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 178 aa  42  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  35.71 
 
 		 196 aa  41.6  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 119 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 188 aa  42  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0019  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 68 aa  42  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 106 aa  41.6  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 108 aa  41.6  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 194 aa  41.6  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0372  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 64 aa  42  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0794944  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1666  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 64 aa  41.6  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 187 aa  42  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0023  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 87 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0153  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 64 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>