More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_08540 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_08540  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 76 aa  153  6e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102347 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  45 
 
 		 245 aa  60.8  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0995  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 72 aa  58.2  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.651052 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0810  transcriptional regulator  42.65 
 
 		 79 aa  56.6  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0185254  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  46.67 
 
 		 69 aa  55.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04285  DNA-binding protein, putative  42.86 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  40.98 
 
 		 175 aa  52.4  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  46.67 
 
 		 87 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  46.67 
 
 		 84 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1374  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 71 aa  52.4  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.111041  normal  0.717323 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1959  transcriptional regulator, XRE family  37.33 
 
 		 73 aa  52.4  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.127837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 71 aa  52.8  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 105 aa  52.4  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  39.13 
 
 		 203 aa  52  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 188 aa  51.2  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 516 aa  50.8  0.000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 528 aa  51.2  0.000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 187 aa  51.2  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0029  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 85 aa  50.8  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 176 aa  50.4  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 72 aa  50.4  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 77 aa  50.1  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2958  transcriptional regulator, XRE family  46.88 
 
 		 70 aa  50.4  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.526804  normal  0.873082 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 67 aa  50.4  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1649  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 179 aa  49.7  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 190 aa  49.7  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 181 aa  49.7  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 112 aa  50.1  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 128 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 134 aa  49.3  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 		 76 aa  49.7  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 77 aa  48.5  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 199 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  40.91 
 
 		 88 aa  48.9  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 183 aa  48.1  0.00004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 201 aa  48.1  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 78 aa  47.8  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1604  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 175 aa  47.8  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000175154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 188 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.93 
 
 		 178 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 178 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  37.93 
 
 		 178 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  37.93 
 
 		 178 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 81 aa  47.8  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 		 69 aa  47.8  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  37.93 
 
 		 178 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 178 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  37.93 
 
 		 178 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  35 
 
 		 383 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2402  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 152 aa  47.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314707  normal  0.620084 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  37.93 
 
 		 178 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 163 aa  47.4  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 107 aa  47.4  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 77 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 67 aa  47  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 109 aa  47  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  47  0.00009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 181 aa  47  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  47  0.00009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  40 
 
 		 113 aa  46.6  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  36.67 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0543  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 71 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 333 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0207  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 63 aa  45.8  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1419  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 64 aa  46.2  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.138146  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 90 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1750  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 129 aa  46.2  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00805015  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 333 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1626  helix-turn-helix domain protein  34.29 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.365666 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05270  predicted transcriptional regulator  32.35 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10830  transcriptional regulator  40.74 
 
 		 64 aa  45.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.213201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 183 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 178 aa  45.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 175 aa  45.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2664  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 83 aa  45.4  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.406995 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 209 aa  45.4  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 182 aa  45.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0162  hypothetical protein  34.48 
 
 		 64 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  36.07 
 
 		 208 aa  44.7  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 178 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3903  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 64 aa  44.7  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.009018  normal  0.0135287 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0591  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 68 aa  44.7  0.0004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 178 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 185 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4290  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 70 aa  44.7  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34926  normal  0.146409 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 212 aa  44.7  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 178 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>