More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5955 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 81 aa  162  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  97.01 
 
 		 67 aa  132  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  61.73 
 
 		 90 aa  105  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  50.79 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 76 aa  64.7  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  50 
 
 		 113 aa  62  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  49.15 
 
 		 87 aa  61.2  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 107 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  43.21 
 
 		 81 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 131 aa  60.1  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 79 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  48.28 
 
 		 72 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 72 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 106 aa  58.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 81 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 81 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  43.24 
 
 		 102 aa  57.8  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 80 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 98 aa  57.8  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  45.76 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 76 aa  57.4  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  45.76 
 
 		 72 aa  57  0.00000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 90 aa  57  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 76 aa  56.6  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 101 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 72 aa  55.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 76 aa  56.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 70 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  37.88 
 
 		 67 aa  55.5  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 71 aa  55.1  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1957  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 89 aa  55.5  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 71 aa  55.1  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 97 aa  54.7  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 71 aa  54.7  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  42.19 
 
 		 107 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 76 aa  54.3  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 86 aa  54.3  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 134 aa  54.3  0.0000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 84 aa  53.5  0.0000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  44.62 
 
 		 67 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 76 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  38.16 
 
 		 101 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 72 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 93 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 72 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 99 aa  53.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.66 
 
 		 203 aa  53.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 203 aa  53.1  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  35.71 
 
 		 75 aa  53.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 79 aa  53.5  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 218 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  36.92 
 
 		 205 aa  52  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  36.92 
 
 		 205 aa  52  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  44.07 
 
 		 69 aa  52.8  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  40.32 
 
 		 86 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 83 aa  52.8  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 81 aa  52.4  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 182 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1141  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 74 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.519816  normal  0.304239 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  47.27 
 
 		 69 aa  52  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  39.19 
 
 		 88 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 90 aa  51.6  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 97 aa  51.6  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 77 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  37.84 
 
 		 99 aa  52  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0650  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 110 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 192 aa  51.6  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 99 aa  52  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 72 aa  51.6  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 255 aa  51.2  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 67 aa  51.2  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 90 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 115 aa  51.2  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 110 aa  51.2  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 81 aa  51.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 81 aa  51.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 78 aa  51.6  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 93 aa  51.2  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 76 aa  51.2  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0890  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 77 aa  51.2  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 179 aa  50.8  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 		 77 aa  50.8  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 75 aa  50.8  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  37.1 
 
 		 84 aa  50.4  0.000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 80 aa  50.4  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>