More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_7274 on replicon NC_010679
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 79 aa  161  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 84 aa  67  0.00000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  50.85 
 
 		 333 aa  62  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  50.85 
 
 		 333 aa  62  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 		 86 aa  60.8  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 90 aa  60.5  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 97 aa  60.5  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 97 aa  60.1  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 81 aa  59.7  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 68 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  56.36 
 
 		 68 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  56.36 
 
 		 68 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 97 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 98 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  56.36 
 
 		 68 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 93 aa  58.2  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 88 aa  57.8  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 77 aa  57.4  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 85 aa  57.4  0.00000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 83 aa  57.4  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 76 aa  57  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 67 aa  57  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  48.15 
 
 		 68 aa  57  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 77 aa  57  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  45 
 
 		 70 aa  56.2  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 81 aa  56.6  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 93 aa  55.5  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 70 aa  55.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 69 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 69 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 69 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  39.19 
 
 		 102 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 76 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 76 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  38.03 
 
 		 90 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 118 aa  54.3  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  42.65 
 
 		 107 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 80 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  37.29 
 
 		 72 aa  54.3  0.0000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  37.29 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 57 aa  53.9  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40 
 
 		 80 aa  53.5  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 91 aa  53.5  0.0000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 99 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  40.68 
 
 		 67 aa  53.5  0.0000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 74 aa  53.5  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 97 aa  52.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  38.1 
 
 		 94 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 106 aa  52.4  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 76 aa  52.4  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  36.23 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2016  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 		 93 aa  52.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  48.33 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  37.7 
 
 		 75 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 86 aa  52  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 76 aa  51.6  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 255 aa  51.2  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 90 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 88 aa  51.6  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  41.38 
 
 		 210 aa  51.2  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  38.71 
 
 		 113 aa  51.2  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 84 aa  50.8  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 72 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  40.85 
 
 		 84 aa  50.8  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 115 aa  50.8  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 69 aa  50.8  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 490 aa  50.4  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 112 aa  50.8  0.000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 72 aa  50.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 163 aa  50.4  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 230 aa  50.4  0.000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 371 aa  50.4  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 97 aa  50.4  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  40 
 
 		 113 aa  50.4  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  44.07 
 
 		 255 aa  50.4  0.000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  35 
 
 		 86 aa  50.1  0.000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  44.26 
 
 		 489 aa  50.4  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 74 aa  50.4  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 71 aa  50.1  0.000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 71 aa  50.1  0.000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  42.86 
 
 		 75 aa  49.7  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 195 aa  49.7  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  34.78 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 89 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  40.62 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>