More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_00425 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  100 
 
 		 67 aa  135  2e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  58.46 
 
 		 120 aa  80.9  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  59.68 
 
 		 72 aa  76.3  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 75 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 76 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 76 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  50.75 
 
 		 72 aa  74.7  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  50.75 
 
 		 72 aa  74.7  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  58.06 
 
 		 72 aa  74.3  0.0000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 71 aa  71.2  0.000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 71 aa  71.2  0.000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 120 aa  71.2  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 73 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 73 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 73 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 81 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  53.33 
 
 		 78 aa  67  0.00000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  53.33 
 
 		 87 aa  66.6  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  53.33 
 
 		 84 aa  66.6  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  55 
 
 		 83 aa  66.2  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 93 aa  63.9  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 		 77 aa  63.5  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 101 aa  63.9  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  44.78 
 
 		 68 aa  62.8  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  46.88 
 
 		 75 aa  62.8  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  44.78 
 
 		 70 aa  62.8  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 91 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 75 aa  62.8  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 390 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 76 aa  62  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 74 aa  62.8  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 112 aa  62  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  44.62 
 
 		 69 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 86 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 91 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  40.3 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 85 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 76 aa  60.8  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 90 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1957  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 89 aa  60.5  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 		 90 aa  60.8  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 333 aa  60.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 333 aa  60.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  47.62 
 
 		 86 aa  60.1  0.000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 89 aa  60.5  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  48.39 
 
 		 110 aa  59.7  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 101 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 78 aa  59.7  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 78 aa  59.7  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  38.81 
 
 		 81 aa  60.1  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 81 aa  59.3  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 83 aa  58.5  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 68 aa  58.5  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 77 aa  58.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 72 aa  58.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 68 aa  58.5  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 84 aa  58.5  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 104 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 81 aa  57.8  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 81 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 81 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 79 aa  58.2  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  45 
 
 		 77 aa  58.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  45 
 
 		 77 aa  58.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 230 aa  57.8  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 101 aa  57.4  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  37.31 
 
 		 75 aa  57  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 76 aa  56.2  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 74 aa  56.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 76 aa  56.6  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 85 aa  56.6  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 81 aa  55.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 78 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  43.08 
 
 		 107 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.27 
 
 		 129 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 76 aa  55.5  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 78 aa  55.5  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  40 
 
 		 87 aa  55.1  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 81 aa  55.5  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>