More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5036 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 72 aa  147  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 72 aa  147  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  54.17 
 
 		 72 aa  78.2  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  53.52 
 
 		 78 aa  77  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  53.52 
 
 		 78 aa  77  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  52.24 
 
 		 72 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 85 aa  66.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  46.27 
 
 		 76 aa  65.5  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 76 aa  63.9  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 74 aa  63.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 71 aa  62  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 71 aa  62  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 88 aa  62  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 91 aa  61.6  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 120 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  42.65 
 
 		 77 aa  58.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  46.97 
 
 		 86 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 93 aa  57.4  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 82 aa  56.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  46.55 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  44.07 
 
 		 67 aa  55.5  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1393  transcriptional regulator, XRE family  51.06 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  45.61 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  42.65 
 
 		 77 aa  53.5  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  42.65 
 
 		 77 aa  53.5  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  39.71 
 
 		 87 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2542  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 116 aa  52.8  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.054294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 88 aa  52.8  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 93 aa  52.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 86 aa  52.4  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 71 aa  52  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2016  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 93 aa  51.2  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.98 
 
 		 80 aa  51.2  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 90 aa  50.8  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 71 aa  50.8  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0251  Cro/CI family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 72 aa  50.4  0.000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 		 182 aa  50.8  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 120 aa  50.4  0.000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 182 aa  50.4  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 84 aa  50.4  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 78 aa  50.4  0.000009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1221  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 173 aa  50.4  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000921846 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  38.24 
 
 		 75 aa  49.7  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  38.71 
 
 		 68 aa  50.1  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  36.23 
 
 		 192 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.68 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 197 aa  49.7  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  35.82 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 208 aa  50.1  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  39.06 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 208 aa  50.1  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 208 aa  50.1  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  34.33 
 
 		 101 aa  49.3  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  32.31 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  32.31 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4788  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 114 aa  49.3  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200631  normal  0.763075 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 70 aa  49.7  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  36.23 
 
 		 195 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 70 aa  48.9  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 179 aa  49.3  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_010183  BcerKBAB4_5865  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 64 aa  48.5  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  36.23 
 
 		 195 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  36.23 
 
 		 195 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 87 aa  48.9  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  36.23 
 
 		 195 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 199 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 63 aa  48.5  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  36.23 
 
 		 195 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  36.23 
 
 		 195 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 77 aa  48.5  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 112 aa  48.5  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 200 aa  48.1  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 83 aa  48.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 195 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 230 aa  48.1  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1153  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 1143 aa  47.8  0.00005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648529  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4781  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00061071  normal  0.699893 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0957  hypothetical protein  35.71 
 
 		 65 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 182 aa  47.8  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3034  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 82 aa  47.4  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.123448  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 184 aa  47.4  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 78 aa  47.8  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 110 aa  47.4  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 78 aa  47.4  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1328  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 174 aa  47  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000725972  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 81 aa  47  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  34.85 
 
 		 182 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 206 aa  46.6  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>