More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4788 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4788  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 114 aa  228  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200631  normal  0.763075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4781  transcriptional regulator, XRE family  99.12 
 
 		 113 aa  224  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00061071  normal  0.699893 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4776  transcriptional regulator, XRE family  42.45 
 
 		 111 aa  69.7  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0811435  normal  0.544838 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2256  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 117 aa  54.7  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 111 aa  54.3  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000260527  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 137 aa  53.9  0.0000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  29.57 
 
 		 114 aa  53.9  0.0000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0163  transcriptional regulator, XRE family  42.67 
 
 		 141 aa  53.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.953205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 321 aa  52.8  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 151 aa  52.4  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  25.77 
 
 		 112 aa  51.6  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 206 aa  51.2  0.000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  41.94 
 
 		 144 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 152 aa  51.2  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 110 aa  50.4  0.000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 118 aa  49.7  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0207  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 106 aa  49.7  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000425004  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 114 aa  49.7  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  31.31 
 
 		 145 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 		 369 aa  48.9  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2431  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 143 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0495  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 100 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400235  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 72 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 72 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  34.34 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  34.29 
 
 		 347 aa  48.9  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 71 aa  48.9  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0683  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 239 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 182 aa  48.5  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  37.88 
 
 		 301 aa  48.5  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 71 aa  48.9  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 142 aa  48.1  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 374 aa  48.5  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 115 aa  48.1  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 300 aa  47.8  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 133 aa  47.8  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  34.43 
 
 		 183 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 128 aa  47.4  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  27.85 
 
 		 114 aa  47.4  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  40.68 
 
 		 95 aa  47.4  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  27.85 
 
 		 114 aa  47.4  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  35.38 
 
 		 200 aa  47  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 252 aa  47  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 204 aa  47  0.00008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1067  cryptic phage CTXphi transcriptional repressor RstR  25 
 
 		 111 aa  47  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.745753  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0505  cryptic phage CTXphi transcriptional repressor RstR  25 
 
 		 111 aa  47  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.451167  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1070  cryptic phage CTXphi transcriptional repressor RstR  25 
 
 		 111 aa  47  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  28.45 
 
 		 216 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  39.34 
 
 		 219 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  35.38 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  28.45 
 
 		 216 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  38.71 
 
 		 72 aa  47  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  33.72 
 
 		 185 aa  46.2  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  33.72 
 
 		 185 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  33.72 
 
 		 185 aa  46.2  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 256 aa  46.2  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 163 aa  46.6  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 		 200 aa  45.4  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 281 aa  45.8  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0218  Cro/CI family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 158 aa  45.8  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.631577  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 131 aa  45.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  31.82 
 
 		 185 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  33.72 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0916  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 115 aa  46.2  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2295  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.302272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 211 aa  45.4  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 231 aa  45.8  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 142 aa  46.2  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  36.51 
 
 		 262 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  43.64 
 
 		 180 aa  45.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 185 aa  45.4  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2433  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 132 aa  45.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000213647 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1668  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 137 aa  45.4  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00903838  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0455  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 214 aa  45.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000298649 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 196 aa  45.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  36.51 
 
 		 262 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 183 aa  45.4  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 262 aa  45.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  30 
 
 		 302 aa  45.1  0.0004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0073  DNA-binding protein  36.92 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 191 aa  44.7  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5234  DNA-binding protein  36.92 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302998 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  30.68 
 
 		 185 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0070  transcriptional regulator  36.92 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  37.7 
 
 		 233 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 		 277 aa  44.7  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 368 aa  44.7  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0074  DNA-binding protein  36.92 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0083  DNA-binding protein  36.92 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000440854 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0086  DNA-binding protein  36.92 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.786766  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 359 aa  44.7  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3164  helix-turn-helix domain-containing protein  36.21 
 
 		 83 aa  44.7  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0375363 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 115 aa  44.7  0.0004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 115 aa  44.7  0.0004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>