More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3164 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3164  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 83 aa  166  9e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0375363 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3389  XRE family transcriptional regulator  93.98 
 
 		 83 aa  155  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14531  normal  0.0634839 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0142  transcriptional regulator, XRE family  81.94 
 
 		 91 aa  130  6.999999999999999e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0927186 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4304  transcriptional regulator, XRE family  80.82 
 
 		 80 aa  124  6e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0533  transcriptional regulator, XRE family  75.34 
 
 		 90 aa  120  7e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7158  transcriptional regulator, XRE family  76.71 
 
 		 78 aa  120  8e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776523  normal  0.018417 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3146  transcriptional regulator, XRE family  74.32 
 
 		 80 aa  115  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000500747  normal  0.0337918 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2467  transcriptional regulator, XRE family  64.71 
 
 		 109 aa  100  8e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0197  transcriptional regulator, XRE family  57.14 
 
 		 80 aa  87.8  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.243983  normal  0.255658 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4879  XRE family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 97 aa  82.8  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0534  transcriptional regulator, XRE family  61.19 
 
 		 86 aa  80.1  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000443779  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1276  helix-turn-helix domain protein  56.92 
 
 		 105 aa  74.3  0.0000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1855  XRE family transcriptional regulator  56.92 
 
 		 97 aa  74.3  0.0000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.60085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2539  DNA-binding protein  49.18 
 
 		 66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10177e-42 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2263  DNA-binding protein  49.18 
 
 		 66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.784233  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2523  DNA-binding protein  49.18 
 
 		 66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2347  DNA-binding protein  49.18 
 
 		 69 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203994  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2306  DNA-binding protein  49.18 
 
 		 69 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0129797  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0138  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 69 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0315145  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3410  transcriptional regulator, XRE family protein  46.03 
 
 		 64 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1666  XRE family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 64 aa  63.9  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1149  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 69 aa  63.9  0.0000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1497  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 71 aa  63.9  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.764708  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  46.03 
 
 		 67 aa  63.5  0.0000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1120  DNA-binding protein  44.26 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4364  transcriptional regulator protein-like protein  44.44 
 
 		 78 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4745  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 77 aa  62.8  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3012  DNA-binding protein  47.54 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.632687  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2934  helix-turn-helix family DNA-binding protein  47.54 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3243  DNA-binding protein  47.54 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0689  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 63 aa  62  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0759  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 70 aa  61.2  0.000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1338  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 69 aa  59.7  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1655  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 81 aa  59.7  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2052  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 84 aa  60.1  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.14736  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1159  DNA-binding protein  47.62 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593416  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1630  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 63 aa  58.9  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3627  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 65 aa  59.3  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0060  DNA-binding protein  43.75 
 
 		 65 aa  58.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5696  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 66 aa  58.5  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.0346696 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0292  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 63 aa  58.5  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1472  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 69 aa  58.2  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.000374742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4290  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 70 aa  58.2  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34926  normal  0.146409 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5175  DNA-binding protein  43.55 
 
 		 73 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4739  DNA-binding protein  43.55 
 
 		 73 aa  57.8  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1410  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 72 aa  57.8  0.00000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4758  DNA-binding protein  43.55 
 
 		 73 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0571449  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5184  DNA-binding protein  43.55 
 
 		 73 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0019  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 68 aa  57.8  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0815  Cro/CI family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 71 aa  57.4  0.00000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5270  DNA-binding protein  43.55 
 
 		 79 aa  57.4  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0430  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 69 aa  57  0.00000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1613  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 71 aa  57  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0501  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 68 aa  57  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60564  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5169  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 79 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4895  DNA-binding protein  43.55 
 
 		 73 aa  57  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5139  DNA-binding protein  43.55 
 
 		 73 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2992  hypothetical protein  46.3 
 
 		 67 aa  57  0.00000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.169879  hitchhiker  0.00733208 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1649  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.287153  hitchhiker  0.00253502 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1819  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.344657  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3732  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 63 aa  55.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00268378  normal  0.0189941 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0543  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 71 aa  56.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0752  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.273056  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0407  helix-turn-helix domain-containing protein  46.03 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000097753  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0397  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000557711  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5023  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1677  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4853  DNA-binding protein; transcriptional regulator  42.86 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4868  DNA-binding protein; transcriptional regulator  42.86 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5666  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 65 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5336  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5366  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.53351  normal  0.352058 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5404  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 70 aa  55.1  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5261  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4511  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 64 aa  55.1  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11449  normal  0.768311 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5291  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5278  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 66 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0813  DNA-binding protein  45.9 
 
 		 72 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.371509  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2370  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.209758  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0075  DNA-binding protein  41.94 
 
 		 73 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0207  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1115  transcriptional regulator, Cro/CI family  40.98 
 
 		 77 aa  53.9  0.0000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.253142  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2424  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 66 aa  53.9  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.21455  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1517  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 73 aa  53.9  0.0000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.449113  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1211  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 67 aa  53.9  0.0000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0363  transcriptional regulator  45.9 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0737  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 65 aa  53.5  0.0000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0600  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 72 aa  53.5  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0741  DNA-binding protein  44.26 
 
 		 72 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000153081 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0753  DNA-binding protein  44.26 
 
 		 75 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.389457  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3714  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 65 aa  53.1  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4855  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 73 aa  53.5  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0652  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 75 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0596  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 75 aa  53.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.128395  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0597  transcriptional regulator  44.26 
 
 		 75 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2913  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 79 aa  53.1  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0686  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000669096  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1833  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 65 aa  53.1  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000852884  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0575  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2218  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>