More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3410 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3410  transcriptional regulator, XRE family protein  100 
 
 		 64 aa  128  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0138  XRE family transcriptional regulator  79.37 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0315145  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4745  XRE family transcriptional regulator  82.54 
 
 		 77 aa  106  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1159  DNA-binding protein  82.54 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593416  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1666  XRE family transcriptional regulator  79.37 
 
 		 64 aa  105  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3627  XRE family transcriptional regulator  76.56 
 
 		 65 aa  102  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4364  transcriptional regulator protein-like protein  76.19 
 
 		 78 aa  100  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1613  XRE family transcriptional regulator  74.19 
 
 		 71 aa  97.1  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0501  XRE family transcriptional regulator  73.02 
 
 		 68 aa  96.3  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0689  XRE family transcriptional regulator  76.67 
 
 		 63 aa  95.5  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0207  XRE family transcriptional regulator  73.77 
 
 		 63 aa  92.8  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11150  putative transcriptional regulator  65.62 
 
 		 68 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00242881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1497  XRE family transcriptional regulator  72.13 
 
 		 71 aa  91.3  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.764708  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4290  transcriptional regulator, XRE family  70 
 
 		 70 aa  90.9  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34926  normal  0.146409 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1025  putative transcriptional regulator  64.06 
 
 		 68 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3732  XRE family transcriptional regulator  64.52 
 
 		 63 aa  86.7  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00268378  normal  0.0189941 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0292  XRE family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 63 aa  84  7e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4511  XRE family transcriptional regulator  65 
 
 		 64 aa  82.8  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11449  normal  0.768311 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3903  transcriptional regulator, XRE family  63.93 
 
 		 64 aa  82  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.009018  normal  0.0135287 
 
 
-
 
NC_002936  DET1338  DNA-binding protein  65 
 
 		 69 aa  80.1  0.000000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 74 aa  79.7  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1149  XRE family transcriptional regulator  65 
 
 		 69 aa  79  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0989  XRE family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 67 aa  78.2  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.214292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0759  transcriptional regulator, XRE family  60.66 
 
 		 70 aa  78.6  0.00000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2281  XRE family transcriptional regulator  65 
 
 		 74 aa  77.8  0.00000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000000223955  hitchhiker  0.000476001 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1819  XRE family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 69 aa  77.4  0.00000000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.344657  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0313  transcriptional regulator, XRE family  57.81 
 
 		 66 aa  76.3  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.834607 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1120  DNA-binding protein  61.67 
 
 		 69 aa  75.9  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0019  transcriptional regulator, XRE family  55 
 
 		 68 aa  75.5  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  55 
 
 		 67 aa  75.5  0.0000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1410  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 72 aa  75.5  0.0000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3036  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 67 aa  74.7  0.0000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1630  XRE family transcriptional regulator  58.73 
 
 		 63 aa  74.7  0.0000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1517  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 73 aa  74.3  0.0000000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.449113  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0752  XRE family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 69 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.273056  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2965  transcriptional regulator, XRE family  58.33 
 
 		 224 aa  73.6  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.598952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1649  XRE family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 69 aa  73.6  0.0000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.287153  hitchhiker  0.00253502 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10830  transcriptional regulator  54.1 
 
 		 64 aa  71.2  0.000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.213201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02797  helix-turn-helix, putative  54.84 
 
 		 62 aa  71.6  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2424  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 66 aa  70.9  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.21455  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1983  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 		 64 aa  70.5  0.000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.418857  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1677  transcriptional regulator, XRE family  54.69 
 
 		 72 aa  70.5  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0737  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0408  transcriptional regulator, XRE family  54.1 
 
 		 63 aa  69.3  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1472  transcriptional regulator, XRE family  55 
 
 		 69 aa  68.2  0.00000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.000374742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5366  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 		 65 aa  68.6  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.53351  normal  0.352058 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3240  transcriptional regulator, XRE family  54.1 
 
 		 66 aa  67.8  0.00000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0152  XRE family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 93 aa  67  0.00000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2552  transcriptional regulator  49.18 
 
 		 64 aa  67  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.954813 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2913  transcriptional regulator, XRE family  52.46 
 
 		 79 aa  66.2  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1419  DNA-binding protein  50 
 
 		 69 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1381  DNA-binding protein  50 
 
 		 69 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4879  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1178  DNA-binding protein  50 
 
 		 69 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.826744  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2151  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 64 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.194811  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1167  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 71 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1153  transcriptional regulator  50 
 
 		 69 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2992  hypothetical protein  51.92 
 
 		 67 aa  65.5  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.169879  hitchhiker  0.00733208 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4029  DNA-binding protein  50 
 
 		 69 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.131881 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1315  DNA-binding protein  50 
 
 		 69 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1341  DNA-binding protein  50 
 
 		 69 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.4555000000000005e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0435  DNA-binding protein  48.33 
 
 		 64 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0505  DNA-binding protein  48.33 
 
 		 64 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0391  DNA-binding protein  48.33 
 
 		 64 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.174758  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0457  DNA-binding protein  48.33 
 
 		 64 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4867  DNA-binding protein  48.33 
 
 		 64 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1855  XRE family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 97 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.60085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3714  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 65 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0533  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 90 aa  64.7  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1425  transciptional regulator  50 
 
 		 69 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.132768  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3164  helix-turn-helix domain-containing protein  46.03 
 
 		 83 aa  64.7  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0375363 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1159  transcriptional regulator  48.33 
 
 		 80 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5640  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 64 aa  64.7  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731345  normal  0.328925 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0060  DNA-binding protein  48.33 
 
 		 65 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5460  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 79 aa  63.9  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0289484  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3146  transcriptional regulator, XRE family  48.28 
 
 		 80 aa  63.9  0.0000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000500747  normal  0.0337918 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0372  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 64 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0794944  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0505  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 83 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.838657  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1409  transcriptional regulator, XRE family  48.39 
 
 		 75 aa  63.2  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.503834  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0377  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 83 aa  63.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00278297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2347  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 69 aa  63.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203994  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0368  PbsX family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 83 aa  63.2  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000574241  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2306  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 69 aa  63.2  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0129797  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0365  PbsX family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 83 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.450823  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2263  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 66 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.784233  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2523  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 66 aa  63.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2539  DNA-binding protein  45.31 
 
 		 66 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10177e-42 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 63 aa  62.8  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0407  helix-turn-helix domain-containing protein  51.52 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000097753  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0543  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 71 aa  62.4  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0397  XRE family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000557711  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2052  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 84 aa  62  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.14736  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0815  Cro/CI family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 71 aa  61.6  0.000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1123  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 66 aa  62  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.503479 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5696  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 66 aa  61.6  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.0346696 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0363  transcriptional regulator  51.67 
 
 		 68 aa  62  0.000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0142  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 91 aa  62  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0927186 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3964  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 77 aa  61.6  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.934118  normal  0.368551 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0430  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 69 aa  61.2  0.000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5023  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 65 aa  61.2  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>