265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1425 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1425  transciptional regulator  100 
 
 		 69 aa  142  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.132768  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3871  XRE family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 70 aa  97.4  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0238675  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2208  XRE family transcriptional regulator  67.19 
 
 		 73 aa  94.4  4e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3817  XRE family transcriptional regulator  67.21 
 
 		 72 aa  93.6  9e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00145193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0512  XRE family transcriptional regulator  68.66 
 
 		 72 aa  93.6  9e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.994286 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1932  XRE family transcriptional regulator  58.21 
 
 		 80 aa  90.9  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000103733  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2822  transcriptional regulator, XRE family  66.67 
 
 		 73 aa  90.1  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00025519  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5460  transcriptional regulator, XRE family  58.21 
 
 		 79 aa  87  8e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0289484  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3964  XRE family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 77 aa  87  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.934118  normal  0.368551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3519  XRE family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 71 aa  84.3  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1409  transcriptional regulator, XRE family  57.14 
 
 		 75 aa  80.1  0.000000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.503834  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1338  DNA-binding protein  56.25 
 
 		 69 aa  78.2  0.00000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2052  XRE family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 84 aa  75.5  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.14736  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1149  XRE family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 69 aa  75.1  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1120  DNA-binding protein  54.69 
 
 		 69 aa  74.3  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 74 aa  68.2  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3036  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 67 aa  67.8  0.00000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1819  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 69 aa  66.6  0.00000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.344657  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1517  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 73 aa  65.5  0.0000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.449113  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3410  transcriptional regulator, XRE family protein  50 
 
 		 64 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1497  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 71 aa  64.3  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.764708  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0060  DNA-binding protein  49.21 
 
 		 65 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0759  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 70 aa  64.3  0.0000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0752  XRE family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 69 aa  64.3  0.0000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.273056  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1410  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 72 aa  63.5  0.0000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0019  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 68 aa  62.8  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1649  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 69 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.287153  hitchhiker  0.00253502 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3732  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 63 aa  62.4  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00268378  normal  0.0189941 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4290  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34926  normal  0.146409 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1666  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 64 aa  61.2  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1630  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 63 aa  61.2  0.000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1677  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 72 aa  60.8  0.000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0292  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 63 aa  61.2  0.000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1613  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 71 aa  60.8  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3627  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 65 aa  60.8  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1472  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 69 aa  60.5  0.000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.000374742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0501  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 68 aa  60.5  0.000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3903  transcriptional regulator, XRE family  48.39 
 
 		 64 aa  60.1  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.009018  normal  0.0135287 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5696  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 66 aa  59.7  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.0346696 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3012  DNA-binding protein  46.88 
 
 		 69 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.632687  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2934  helix-turn-helix family DNA-binding protein  46.88 
 
 		 69 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3243  DNA-binding protein  46.88 
 
 		 69 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0689  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 63 aa  59.7  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0737  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 65 aa  58.9  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2539  DNA-binding protein  46.88 
 
 		 66 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10177e-42 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2347  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203994  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4519  DNA-binding protein  43.55 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2306  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0129797  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0575  XRE family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 72 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2263  DNA-binding protein  46.88 
 
 		 66 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.784233  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0138  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0315145  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4366  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0270567  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4745  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 77 aa  58.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2523  DNA-binding protein  46.88 
 
 		 66 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4871  DNA-binding protein  43.55 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4511  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 64 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11449  normal  0.768311 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0251  Cro/CI family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 72 aa  58.5  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2913  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 79 aa  58.2  0.00000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0408  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 63 aa  58.2  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11150  putative transcriptional regulator  49.18 
 
 		 68 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00242881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0543  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 71 aa  57.8  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4967  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 65 aa  57.4  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2164  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 75 aa  57  0.00000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.27184  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1159  transcriptional regulator  45.28 
 
 		 80 aa  57  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5666  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 65 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1855  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 97 aa  57  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.60085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2151  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 64 aa  57  0.00000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.194811  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0600  XRE family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 72 aa  57  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  41.27 
 
 		 67 aa  57  0.00000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3240  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 66 aa  57  0.00000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1579  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 73 aa  57  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1115  transcriptional regulator, Cro/CI family  42.86 
 
 		 77 aa  56.6  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.253142  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1381  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5169  DNA-binding protein  40 
 
 		 79 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5278  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 66 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0169  Cro/CI family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0106537  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5336  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 65 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4029  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.131881 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1178  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.826744  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4895  DNA-binding protein  40 
 
 		 73 aa  56.2  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5023  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 65 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1341  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.4555000000000005e-25 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4739  DNA-binding protein  40 
 
 		 73 aa  56.2  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4853  DNA-binding protein; transcriptional regulator  42.86 
 
 		 65 aa  56.6  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1167  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 71 aa  56.6  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02550  predicted transcriptional regulator  48.94 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.596606  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1153  transcriptional regulator  45.28 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4758  DNA-binding protein  40 
 
 		 73 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0571449  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5261  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 65 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1271  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 65 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5270  DNA-binding protein  40 
 
 		 79 aa  56.2  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5139  DNA-binding protein  40 
 
 		 73 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5291  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 65 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1419  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1315  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4868  DNA-binding protein; transcriptional regulator  42.86 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2424  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 66 aa  55.5  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.21455  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1123  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 66 aa  56.2  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.503479 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0037  hypothetical protein  38.46 
 
 		 68 aa  55.5  0.0000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0717  DNA-binding protein  49.21 
 
 		 72 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>