291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1604 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  100 
 
 		 114 aa  233  8e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2256  transcriptional regulator, XRE family  43.36 
 
 		 117 aa  97.1  8e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 137 aa  80.9  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 152 aa  80.5  0.000000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0495  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 100 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400235  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  47.76 
 
 		 301 aa  71.6  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2431  XRE family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 143 aa  70.9  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  44.05 
 
 		 321 aa  70.1  0.000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0916  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 115 aa  69.7  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 152 aa  67.8  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 110 aa  67.8  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 231 aa  67.8  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  36.94 
 
 		 163 aa  67.4  0.00000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  33.04 
 
 		 95 aa  66.6  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000260527  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 104 aa  65.1  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  49.21 
 
 		 206 aa  65.1  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  41.67 
 
 		 200 aa  63.9  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 		 281 aa  63.9  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  42.65 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 137 aa  62  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2730  putative DNA-binding protein  34.48 
 
 		 117 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000010572  hitchhiker  0.0000267972 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  50.79 
 
 		 114 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  50.79 
 
 		 114 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 123 aa  62  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 114 aa  61.6  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  36.25 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2433  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 		 132 aa  57.8  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000213647 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1565  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 75 aa  57.8  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1576  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 75 aa  57.8  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1587  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 75 aa  57.8  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 142 aa  57  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0218  Cro/CI family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 158 aa  57  0.00000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.631577  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  38.57 
 
 		 200 aa  57  0.00000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  43.66 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  43.66 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1039  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000101655  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  33.06 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2371  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 165 aa  55.8  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.111191  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  43.66 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 151 aa  55.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  33.63 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 115 aa  55.5  0.0000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 115 aa  55.5  0.0000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 262 aa  55.8  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2792  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3833  prophage LambdaBa02, repressor protein  28.57 
 
 		 114 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4130  prophage lambdaba02, repressor protein  28.57 
 
 		 114 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.05101  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4781  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 		 113 aa  53.9  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00061071  normal  0.699893 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  46.67 
 
 		 255 aa  54.3  0.0000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4788  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 		 114 aa  53.9  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200631  normal  0.763075 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  41.27 
 
 		 144 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 244 aa  53.1  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  37.14 
 
 		 436 aa  52  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2429  transcriptional regulator, XRE family  28.32 
 
 		 127 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159098 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2790  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000203467  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0958  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  31.36 
 
 		 255 aa  51.2  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0281  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 78 aa  51.6  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0335018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0207  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 106 aa  51.6  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000425004  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4032  prophage LambdaBa02, repressor protein  38.1 
 
 		 114 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00194689  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 118 aa  51.2  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6868  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 250 aa  50.4  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.815043  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1668  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 137 aa  50.4  0.000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00903838  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 273 aa  49.7  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0798  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 73 aa  49.7  0.00001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0286273  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0656  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 71 aa  49.7  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  36.36 
 
 		 347 aa  50.1  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2969  helix-turn-helix domain-containing protein  30.21 
 
 		 140 aa  48.5  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3831  prophage LambdaBa02, repressor protein  36.99 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0071415  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4126  prophage LambdaBa02, repressor protein  36.99 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.158818  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 206 aa  48.5  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2570  hypothetical protein  31.76 
 
 		 430 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0258744  normal  0.5369 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0418  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  38.1 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00527482  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  31.75 
 
 		 210 aa  48.1  0.00004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0432  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  38.1 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000371645  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1714  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000253714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 131 aa  48.1  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 144 aa  47.8  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0134  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 104 aa  47.8  0.00005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1530  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 137 aa  47.8  0.00005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3466  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2209  putative DNA-binding protein  27.97 
 
 		 117 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.706329  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3849  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 		 87 aa  47.4  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0299228  normal  0.323457 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 380 aa  47.8  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1912  helix-turn-helix domain protein  39.29 
 
 		 258 aa  47.4  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.978099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  40 
 
 		 374 aa  47  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 252 aa  47  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  38.18 
 
 		 374 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1184  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 73 aa  46.6  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.410956  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_004310  BR2077  hypothetical protein  37.93 
 
 		 126 aa  46.2  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0513  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.041665  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  38.18 
 
 		 374 aa  47  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 115 aa  47  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>