247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1998 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 144 aa  257  4e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 131 aa  256  6e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2300  transcriptional regulator, XRE family  48.74 
 
 		 135 aa  115  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0137231  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  48.76 
 
 		 128 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  48.76 
 
 		 128 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6630  XRE family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 140 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.235763  hitchhiker  0.00158501 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 361 aa  57.4  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  49.18 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  40.62 
 
 		 114 aa  55.5  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  40.62 
 
 		 114 aa  55.5  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  53.33 
 
 		 235 aa  53.9  0.0000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 115 aa  53.5  0.0000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 115 aa  53.5  0.0000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 118 aa  52.8  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2792  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2054  hypothetical protein  36 
 
 		 255 aa  51.6  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000229491  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 205 aa  51.6  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 134 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  38.1 
 
 		 262 aa  50.8  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 128 aa  51.2  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  38.1 
 
 		 262 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0471  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.13 
 
 		 72 aa  50.8  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000142015  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 139 aa  50.8  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 262 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 262 aa  50.8  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  41.43 
 
 		 134 aa  50.4  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 374 aa  50.1  0.000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  41.43 
 
 		 145 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 139 aa  50.1  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  33.75 
 
 		 374 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 142 aa  50.1  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 134 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  34.85 
 
 		 374 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 152 aa  49.3  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 210 aa  49.7  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 162 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2628  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 364 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0359208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  34.92 
 
 		 206 aa  48.9  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  35.16 
 
 		 151 aa  49.3  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  29.52 
 
 		 137 aa  49.3  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  32.1 
 
 		 113 aa  48.5  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  32.5 
 
 		 374 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0599  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 200 aa  48.9  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  40.3 
 
 		 188 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  50 
 
 		 348 aa  48.5  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 121 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  30.63 
 
 		 369 aa  48.5  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0734  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 139 aa  48.5  0.00003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 380 aa  48.5  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 114 aa  48.1  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 197 aa  48.1  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  38.89 
 
 		 201 aa  47.8  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 368 aa  47.8  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 117 aa  47.8  0.00005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3831  prophage LambdaBa02, repressor protein  27.05 
 
 		 122 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0071415  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4126  prophage LambdaBa02, repressor protein  27.05 
 
 		 122 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.158818  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 163 aa  47.4  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  39.19 
 
 		 503 aa  47.8  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 135 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 146 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 135 aa  47.4  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 374 aa  47  0.00008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  33.33 
 
 		 374 aa  47  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 374 aa  47  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 135 aa  47  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4028  prophage LambdaBa02, repressor protein  27.05 
 
 		 122 aa  47  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210086  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 374 aa  47  0.00009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 374 aa  47  0.00009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  44.83 
 
 		 227 aa  47  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.84 
 
 		 324 aa  47  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 122 aa  47  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0188  DNA-binding protein  27.36 
 
 		 108 aa  47  0.00009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000978101  hitchhiker  1.67724e-41 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0234  transcriptional regulator  27.36 
 
 		 108 aa  47  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00111986  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 196 aa  47  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 322 aa  46.2  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 135 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 85 aa  46.6  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  39.06 
 
 		 194 aa  46.6  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 273 aa  46.6  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 370 aa  46.6  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 200 aa  46.2  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1626  putative phage repressor  49.15 
 
 		 244 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  40.68 
 
 		 135 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0692  bifunctional HTH-domain containing protein/aminotransferase  38.16 
 
 		 545 aa  45.8  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  31.82 
 
 		 316 aa  46.2  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 197 aa  45.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 110 aa  46.2  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0067  hypothetical protein  33.82 
 
 		 240 aa  45.8  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7321  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 77 aa  45.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000062062  decreased coverage  0.00000000166173 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  38.33 
 
 		 436 aa  46.2  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 77 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0916  XRE family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 115 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0218  Cro/CI family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 158 aa  45.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.631577  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0717  bifunctional HTH-domain containing protein/aminotransferase  42.86 
 
 		 546 aa  45.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.890628  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>