More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1223 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  629  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  82.13 
 
 		 309 aa  508  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.12 
 
 		 315 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  51.69 
 
 		 316 aa  282  5.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.44 
 
 		 315 aa  282  6.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.64 
 
 		 317 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56 
 
 		 374 aa  279  4e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  51.82 
 
 		 304 aa  278  7e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.64 
 
 		 327 aa  276  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  48.86 
 
 		 324 aa  264  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  51.14 
 
 		 310 aa  256  5e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.08 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  48.66 
 
 		 318 aa  249  5e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  48.47 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.9 
 
 		 342 aa  239  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.12 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.35 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.6 
 
 		 317 aa  228  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  48.24 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.86 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.96 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.6 
 
 		 294 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44 
 
 		 323 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.77 
 
 		 328 aa  207  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.65 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.65 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.91 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.62 
 
 		 338 aa  202  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.02 
 
 		 270 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  36.9 
 
 		 591 aa  97.8  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  38.16 
 
 		 198 aa  96.7  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  35.58 
 
 		 200 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  35.37 
 
 		 201 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  33.54 
 
 		 199 aa  91.3  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  35.76 
 
 		 208 aa  90.1  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  31.37 
 
 		 171 aa  89.7  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.14 
 
 		 604 aa  87  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.14 
 
 		 579 aa  87  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  34.34 
 
 		 579 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  28.48 
 
 		 172 aa  86.3  6e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  36.42 
 
 		 552 aa  85.9  9e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  37.5 
 
 		 179 aa  85.1  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  34.59 
 
 		 216 aa  85.1  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  35 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32.67 
 
 		 593 aa  85.1  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  33.14 
 
 		 179 aa  84  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  34.18 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  37.66 
 
 		 177 aa  82.8  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  30.81 
 
 		 190 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  34.95 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  34.95 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  34.95 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  34.66 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  34.66 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  34.66 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  34.66 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  34.66 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  34.66 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  32.35 
 
 		 171 aa  80.5  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  33.12 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  29.41 
 
 		 197 aa  80.1  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  33.77 
 
 		 175 aa  79.7  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  33.77 
 
 		 175 aa  79.7  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  34.59 
 
 		 171 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  31.84 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  29.7 
 
 		 176 aa  79.3  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  34.09 
 
 		 173 aa  79.3  0.00000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  30.46 
 
 		 219 aa  79.3  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  29.8 
 
 		 195 aa  79.3  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  35.58 
 
 		 173 aa  79  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  31.28 
 
 		 199 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  33.11 
 
 		 206 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  33.52 
 
 		 173 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  33.52 
 
 		 173 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  34 
 
 		 191 aa  78.2  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  33.52 
 
 		 173 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  34.97 
 
 		 173 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  33.52 
 
 		 173 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  33.52 
 
 		 173 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  29.05 
 
 		 196 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  33.93 
 
 		 183 aa  77.4  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  31.76 
 
 		 192 aa  77.4  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  29.01 
 
 		 172 aa  77.4  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  33.11 
 
 		 200 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  33.73 
 
 		 177 aa  77  0.0000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.33 
 
 		 594 aa  77  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  33.96 
 
 		 172 aa  76.6  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  34.93 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  31.74 
 
 		 184 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  30.26 
 
 		 167 aa  76.3  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  33.33 
 
 		 172 aa  75.9  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  31.01 
 
 		 174 aa  75.9  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  31.71 
 
 		 176 aa  75.5  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  29.05 
 
 		 196 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  30.91 
 
 		 179 aa  75.5  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  30.92 
 
 		 176 aa  75.5  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  32.34 
 
 		 183 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>