More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0354 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  64.77 
 
 
615 aa  740    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  100 
 
 
593 aa  1209    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  59.25 
 
 
579 aa  617  1e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  57.89 
 
 
604 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  57.89 
 
 
579 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.84 
 
 
594 aa  578  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  49.38 
 
 
591 aa  491  1e-137  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  47.21 
 
 
552 aa  465  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  59.83 
 
 
375 aa  431  1e-119  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  60.61 
 
 
370 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  60.11 
 
 
371 aa  424  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  60.22 
 
 
382 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  59.13 
 
 
381 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  57.46 
 
 
376 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  57.94 
 
 
378 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  58.13 
 
 
380 aa  410  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  57.88 
 
 
382 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  56.71 
 
 
376 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  57.65 
 
 
378 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  57.46 
 
 
372 aa  399  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  57.65 
 
 
378 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  60.49 
 
 
379 aa  398  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  58.04 
 
 
382 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  56.95 
 
 
382 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  55.49 
 
 
381 aa  391  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  54.82 
 
 
370 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  54.82 
 
 
370 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  56.95 
 
 
383 aa  370  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  53.8 
 
 
373 aa  372  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  53.72 
 
 
370 aa  363  4e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  53.54 
 
 
367 aa  363  6e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  52.62 
 
 
383 aa  362  8e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  54.74 
 
 
385 aa  362  1e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  55.86 
 
 
383 aa  360  3e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  51.36 
 
 
370 aa  353  5.9999999999999994e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 
377 aa  348  2e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  52.75 
 
 
369 aa  346  8e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  52.34 
 
 
369 aa  342  2e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  49.73 
 
 
368 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  50.27 
 
 
369 aa  328  2.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  49.04 
 
 
367 aa  318  1e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.62 
 
 
539 aa  306  5.0000000000000004e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  40.22 
 
 
359 aa  278  1e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  44.2 
 
 
359 aa  274  4.0000000000000004e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  44.62 
 
 
364 aa  273  9e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  44.08 
 
 
364 aa  270  5.9999999999999995e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  44.08 
 
 
364 aa  270  5.9999999999999995e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  42.42 
 
 
362 aa  268  2.9999999999999995e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2257  3-dehydroquinate synthase  45.56 
 
 
354 aa  266  1e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0529  3-dehydroquinate synthase  41.06 
 
 
366 aa  265  2e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  45.24 
 
 
362 aa  264  3e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  45.01 
 
 
364 aa  264  3e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  43.15 
 
 
374 aa  263  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  44.85 
 
 
359 aa  263  6.999999999999999e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  44.08 
 
 
367 aa  263  8e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  41.69 
 
 
359 aa  263  8e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0525  3-dehydroquinate synthase  41.69 
 
 
368 aa  262  1e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  42.69 
 
 
358 aa  261  2e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  43.1 
 
 
366 aa  261  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  42.58 
 
 
361 aa  259  7e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  35.79 
 
 
540 aa  259  8e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  42.82 
 
 
366 aa  259  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5179  3-dehydroquinate synthase  39.02 
 
 
364 aa  259  1e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.981519  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  42.54 
 
 
366 aa  258  2e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  43.8 
 
 
359 aa  258  3e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  43.8 
 
 
359 aa  258  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  43.8 
 
 
359 aa  258  3e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  43.8 
 
 
359 aa  258  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  43.8 
 
 
359 aa  258  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  43.8 
 
 
359 aa  258  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  41.85 
 
 
361 aa  258  3e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  43.8 
 
 
359 aa  258  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  41.1 
 
 
368 aa  257  4e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4222  3-dehydroquinate synthase  38.25 
 
 
366 aa  257  4e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4183  3-dehydroquinate synthase  38.25 
 
 
366 aa  257  4e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  39.29 
 
 
367 aa  256  6e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  36.19 
 
 
551 aa  256  7e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  41.64 
 
 
362 aa  256  8e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0659  3-dehydroquinate synthase  45.63 
 
 
360 aa  256  9e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  40.5 
 
 
355 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  43.23 
 
 
358 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4545  3-dehydroquinate synthase  45.35 
 
 
352 aa  255  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1555  3-dehydroquinate synthase  45 
 
 
364 aa  254  4.0000000000000004e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.267288 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  41.67 
 
 
373 aa  254  4.0000000000000004e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  43.53 
 
 
367 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0778  3-dehydroquinate synthase  40.22 
 
 
363 aa  253  6e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.173055  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  41.81 
 
 
361 aa  253  6e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  41.08 
 
 
362 aa  253  7e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  41.4 
 
 
358 aa  252  1e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  40.11 
 
 
358 aa  252  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  42.22 
 
 
365 aa  251  2e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  42.98 
 
 
370 aa  251  2e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  40.87 
 
 
368 aa  251  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  42.74 
 
 
359 aa  251  3e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  41.26 
 
 
365 aa  251  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  41.11 
 
 
358 aa  250  5e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  41.26 
 
 
365 aa  250  6e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1592  3-dehydroquinate synthase  42.57 
 
 
359 aa  250  6e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  41.11 
 
 
358 aa  250  6e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  41.53 
 
 
361 aa  249  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>