More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3740 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  100 
 
 		 188 aa  374  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  62.2 
 
 		 591 aa  191  6e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  59.12 
 
 		 552 aa  181  6e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  54.29 
 
 		 208 aa  177  7e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  55.95 
 
 		 593 aa  177  9e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  53.61 
 
 		 181 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  53.61 
 
 		 193 aa  170  9e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  53.01 
 
 		 180 aa  170  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  49.42 
 
 		 195 aa  169  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  47.34 
 
 		 197 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  50.29 
 
 		 200 aa  165  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  50.29 
 
 		 206 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  50.29 
 
 		 217 aa  164  6.9999999999999995e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  49.7 
 
 		 196 aa  164  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  49.7 
 
 		 196 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  57.06 
 
 		 187 aa  162  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  49.13 
 
 		 192 aa  162  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  59.03 
 
 		 191 aa  161  5.0000000000000005e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  43.71 
 
 		 181 aa  160  9e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.67 
 
 		 594 aa  160  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  57.14 
 
 		 579 aa  159  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  52.27 
 
 		 201 aa  158  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  52.35 
 
 		 200 aa  158  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  50 
 
 		 200 aa  157  9e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  50.89 
 
 		 203 aa  155  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  50 
 
 		 216 aa  155  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  55.84 
 
 		 579 aa  155  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  55.84 
 
 		 604 aa  155  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  47.73 
 
 		 205 aa  154  7e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  50 
 
 		 204 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  48.91 
 
 		 185 aa  150  8.999999999999999e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  47.4 
 
 		 198 aa  149  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  53.33 
 
 		 206 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  54 
 
 		 224 aa  144  8.000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  50.68 
 
 		 179 aa  142  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  53.85 
 
 		 615 aa  142  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  48.3 
 
 		 196 aa  142  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  47.09 
 
 		 190 aa  142  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  50.65 
 
 		 237 aa  140  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  51.39 
 
 		 178 aa  130  9e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  50.67 
 
 		 214 aa  127  8.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  43.36 
 
 		 181 aa  121  5e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  45.58 
 
 		 180 aa  116  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  42.18 
 
 		 207 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  40.23 
 
 		 199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  37.74 
 
 		 184 aa  114  6.9999999999999995e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  43.31 
 
 		 171 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  42.68 
 
 		 171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  42.68 
 
 		 171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  38.15 
 
 		 178 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  43.05 
 
 		 184 aa  113  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  42.68 
 
 		 171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  42.68 
 
 		 171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  42.68 
 
 		 171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  42.68 
 
 		 171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  42.68 
 
 		 171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  42.68 
 
 		 171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  42.04 
 
 		 171 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  42.04 
 
 		 171 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  42.04 
 
 		 171 aa  112  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  39.38 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  40.83 
 
 		 171 aa  112  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  42.04 
 
 		 171 aa  112  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  39.76 
 
 		 170 aa  112  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  43.5 
 
 		 172 aa  111  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  48.53 
 
 		 220 aa  111  6e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  44.08 
 
 		 183 aa  111  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  41.4 
 
 		 171 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  45 
 
 		 186 aa  111  8.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  41.4 
 
 		 171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  42.37 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  40.85 
 
 		 167 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  37.97 
 
 		 181 aa  110  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  48.53 
 
 		 220 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  41.4 
 
 		 171 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  39.75 
 
 		 179 aa  109  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  38.29 
 
 		 191 aa  109  3e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  39.52 
 
 		 190 aa  108  6e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  36.93 
 
 		 190 aa  108  6e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  43.57 
 
 		 182 aa  107  8.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  38.46 
 
 		 187 aa  107  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  38.46 
 
 		 187 aa  107  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  37.71 
 
 		 190 aa  107  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  43.48 
 
 		 186 aa  107  1e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  40.41 
 
 		 163 aa  107  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  37.36 
 
 		 180 aa  107  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  35.62 
 
 		 169 aa  106  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  48.53 
 
 		 176 aa  106  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  37.21 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.38 
 
 		 310 aa  105  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  37.79 
 
 		 171 aa  105  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  37.21 
 
 		 173 aa  105  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  37.21 
 
 		 173 aa  105  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  37.21 
 
 		 173 aa  105  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  37.65 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  36.93 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  41.84 
 
 		 181 aa  105  5e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  33.52 
 
 		 198 aa  105  6e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  33.92 
 
 		 198 aa  104  6e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  41.45 
 
 		 175 aa  104  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>