More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_0679 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  100 
 
 		 203 aa  395  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  84.15 
 
 		 579 aa  305  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  83.89 
 
 		 579 aa  300  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  83.89 
 
 		 604 aa  299  2e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  79.17 
 
 		 200 aa  291  4e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  78.76 
 
 		 201 aa  291  4e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  59.59 
 
 		 206 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  63.37 
 
 		 593 aa  218  3e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  55.5 
 
 		 200 aa  215  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  55.96 
 
 		 204 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  60.2 
 
 		 224 aa  212  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  58.1 
 
 		 205 aa  211  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  66.08 
 
 		 237 aa  205  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  64.29 
 
 		 208 aa  205  3e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  61.5 
 
 		 615 aa  202  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  53.37 
 
 		 200 aa  194  7e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  54.8 
 
 		 196 aa  194  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  53.37 
 
 		 217 aa  194  9e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  54.86 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  51.63 
 
 		 192 aa  189  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  53.11 
 
 		 196 aa  188  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  54.02 
 
 		 195 aa  186  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  57.93 
 
 		 191 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  56.77 
 
 		 214 aa  181  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  49.17 
 
 		 197 aa  181  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  53.67 
 
 		 198 aa  178  5.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  58.19 
 
 		 594 aa  177  9e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  48.19 
 
 		 181 aa  176  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  56.1 
 
 		 591 aa  176  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  55.76 
 
 		 187 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  55.56 
 
 		 552 aa  171  5.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  56.36 
 
 		 196 aa  169  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  50.3 
 
 		 179 aa  168  5e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  51.11 
 
 		 193 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  53.05 
 
 		 181 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  51.83 
 
 		 180 aa  159  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  52.98 
 
 		 178 aa  159  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  49.44 
 
 		 216 aa  159  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  50.89 
 
 		 188 aa  155  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  50.6 
 
 		 185 aa  149  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  46.37 
 
 		 190 aa  148  7e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  47.59 
 
 		 172 aa  137  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  47.56 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  46.99 
 
 		 172 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  46.99 
 
 		 172 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  41.71 
 
 		 190 aa  131  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  44.94 
 
 		 184 aa  129  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  44.94 
 
 		 184 aa  129  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  45.12 
 
 		 172 aa  127  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  43.29 
 
 		 195 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  47.95 
 
 		 199 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  45.51 
 
 		 190 aa  125  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  47.95 
 
 		 209 aa  125  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  47.62 
 
 		 184 aa  125  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  46.5 
 
 		 163 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  47.13 
 
 		 163 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  47.62 
 
 		 177 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  48.63 
 
 		 183 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  44.51 
 
 		 172 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  47.62 
 
 		 177 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  47.62 
 
 		 177 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  47.62 
 
 		 177 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  47.62 
 
 		 177 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  44.38 
 
 		 184 aa  125  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  49.32 
 
 		 229 aa  124  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  48.63 
 
 		 183 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  42.77 
 
 		 171 aa  124  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  45.75 
 
 		 171 aa  124  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  48.63 
 
 		 183 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  45.45 
 
 		 183 aa  123  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  43.98 
 
 		 172 aa  123  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  43.98 
 
 		 172 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  43.98 
 
 		 172 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  46.43 
 
 		 177 aa  122  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  40.34 
 
 		 199 aa  122  4e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  41.28 
 
 		 191 aa  121  6e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  45.03 
 
 		 169 aa  121  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  40.91 
 
 		 182 aa  121  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  48.65 
 
 		 182 aa  120  9e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  45.03 
 
 		 169 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  42.17 
 
 		 169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  47.26 
 
 		 174 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  45.73 
 
 		 179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  41.57 
 
 		 179 aa  119  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  41.21 
 
 		 171 aa  119  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  44.94 
 
 		 163 aa  119  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  39.05 
 
 		 180 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  43.71 
 
 		 167 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  46.98 
 
 		 180 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  40.61 
 
 		 171 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  49.62 
 
 		 179 aa  117  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  46.21 
 
 		 179 aa  117  9e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  40 
 
 		 190 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  48.85 
 
 		 179 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  44.44 
 
 		 169 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  40.61 
 
 		 171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  46.67 
 
 		 180 aa  116  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  44.44 
 
 		 172 aa  115  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  40.66 
 
 		 192 aa  115  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  39.64 
 
 		 173 aa  116  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>