More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1431 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  100 
 
 		 196 aa  402  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  68.54 
 
 		 193 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  68.54 
 
 		 181 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  67.42 
 
 		 180 aa  229  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  58.86 
 
 		 185 aa  209  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  55.11 
 
 		 178 aa  185  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  54.24 
 
 		 190 aa  181  8.000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  55.76 
 
 		 196 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  54.55 
 
 		 196 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  55.76 
 
 		 579 aa  170  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  56.36 
 
 		 203 aa  169  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  55.15 
 
 		 604 aa  169  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  55.15 
 
 		 579 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  51.81 
 
 		 192 aa  168  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.22 
 
 		 593 aa  168  5e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  53.04 
 
 		 200 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  52.49 
 
 		 201 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  51.81 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  52.41 
 
 		 204 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  55.1 
 
 		 195 aa  159  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  50.6 
 
 		 205 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  47.57 
 
 		 198 aa  156  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  50.33 
 
 		 197 aa  156  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.38 
 
 		 594 aa  156  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  50.91 
 
 		 200 aa  155  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  53.29 
 
 		 237 aa  155  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  51.2 
 
 		 208 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  53.18 
 
 		 615 aa  153  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  50.63 
 
 		 216 aa  151  8e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  46.24 
 
 		 591 aa  146  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  47.56 
 
 		 177 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  47.56 
 
 		 184 aa  145  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  47.56 
 
 		 209 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  47.56 
 
 		 199 aa  145  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  47.56 
 
 		 177 aa  145  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  47.56 
 
 		 177 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  47.56 
 
 		 177 aa  145  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  47.56 
 
 		 177 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  48.65 
 
 		 206 aa  144  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  52.7 
 
 		 552 aa  144  8.000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  50 
 
 		 224 aa  142  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  46.62 
 
 		 200 aa  142  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  46.62 
 
 		 217 aa  142  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  48.3 
 
 		 188 aa  142  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  45.93 
 
 		 179 aa  140  9e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  46.39 
 
 		 187 aa  140  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  44.44 
 
 		 191 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  46.34 
 
 		 183 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  46.95 
 
 		 183 aa  138  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  45.73 
 
 		 183 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  46.34 
 
 		 184 aa  136  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  45.12 
 
 		 184 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  45.73 
 
 		 184 aa  135  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  46.85 
 
 		 181 aa  133  9.999999999999999e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  47.13 
 
 		 169 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  45.86 
 
 		 169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  47.13 
 
 		 169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  43.37 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  41.46 
 
 		 190 aa  127  8.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  50 
 
 		 214 aa  125  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  41.57 
 
 		 192 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  39.63 
 
 		 195 aa  124  6e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  42.04 
 
 		 161 aa  124  9e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  43.04 
 
 		 182 aa  122  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  42.04 
 
 		 161 aa  121  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  42.68 
 
 		 182 aa  120  9e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  42.6 
 
 		 190 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  39.76 
 
 		 186 aa  120  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  41.4 
 
 		 179 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  41.1 
 
 		 179 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  39.02 
 
 		 170 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  41.4 
 
 		 179 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  42.5 
 
 		 182 aa  119  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  45.33 
 
 		 172 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  38.55 
 
 		 186 aa  118  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  41.67 
 
 		 179 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  44 
 
 		 172 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  42.17 
 
 		 175 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  42.51 
 
 		 174 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  40.94 
 
 		 172 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  39.26 
 
 		 176 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  39.16 
 
 		 180 aa  115  3e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  41.57 
 
 		 175 aa  115  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  39.88 
 
 		 172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  44.97 
 
 		 180 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  44 
 
 		 162 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  43.33 
 
 		 172 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  37.21 
 
 		 181 aa  114  6.9999999999999995e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  36.31 
 
 		 177 aa  114  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  39.16 
 
 		 173 aa  114  8.999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  42.57 
 
 		 183 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  38.83 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  41.72 
 
 		 174 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  37.72 
 
 		 172 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  37.35 
 
 		 169 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  41.18 
 
 		 172 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  41.18 
 
 		 172 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  42 
 
 		 173 aa  112  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  40.27 
 
 		 190 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  38.67 
 
 		 171 aa  111  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>