More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7573 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  100 
 
 		 237 aa  472  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  70.83 
 
 		 206 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  71.98 
 
 		 205 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  71.82 
 
 		 204 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  66.84 
 
 		 200 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  65.52 
 
 		 224 aa  240  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  61 
 
 		 200 aa  231  6e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  61.46 
 
 		 593 aa  231  7.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  64.36 
 
 		 201 aa  229  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  62.63 
 
 		 604 aa  225  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  62.63 
 
 		 579 aa  226  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  60.8 
 
 		 579 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  65.17 
 
 		 203 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  69.66 
 
 		 214 aa  216  4e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  59.89 
 
 		 615 aa  198  5e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  50 
 
 		 195 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  52.13 
 
 		 200 aa  196  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  51.04 
 
 		 217 aa  195  4.0000000000000005e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.41 
 
 		 594 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  61.31 
 
 		 208 aa  194  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  51.87 
 
 		 206 aa  191  7e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  52.07 
 
 		 196 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  47.62 
 
 		 197 aa  179  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  50.89 
 
 		 196 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  53.59 
 
 		 191 aa  176  3e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  55.49 
 
 		 198 aa  176  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  55.15 
 
 		 187 aa  170  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  57.14 
 
 		 178 aa  170  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  48.21 
 
 		 192 aa  169  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  47.27 
 
 		 181 aa  168  7e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  53.29 
 
 		 196 aa  166  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  49.44 
 
 		 216 aa  165  5.9999999999999996e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  55.7 
 
 		 181 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  55.7 
 
 		 193 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  49.1 
 
 		 179 aa  161  7e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  52.38 
 
 		 552 aa  158  6e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  53.69 
 
 		 180 aa  158  8e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  46.28 
 
 		 591 aa  154  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  47.88 
 
 		 185 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  50.65 
 
 		 188 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  47.65 
 
 		 190 aa  145  7.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  46.43 
 
 		 172 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  46.43 
 
 		 172 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  45.24 
 
 		 172 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  42.94 
 
 		 174 aa  128  8.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  45.65 
 
 		 199 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  43.02 
 
 		 199 aa  126  3e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  39.13 
 
 		 171 aa  126  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  45.65 
 
 		 209 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  45.65 
 
 		 184 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  46.21 
 
 		 229 aa  124  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  45.65 
 
 		 177 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  45.65 
 
 		 177 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  45.65 
 
 		 177 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  45.65 
 
 		 177 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  45.65 
 
 		 177 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  40 
 
 		 191 aa  123  3e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  38.37 
 
 		 173 aa  122  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  44.83 
 
 		 190 aa  122  4e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  45 
 
 		 163 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  46.21 
 
 		 183 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  44.05 
 
 		 172 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  42.95 
 
 		 192 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  45.62 
 
 		 163 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  40.22 
 
 		 207 aa  120  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  43.45 
 
 		 172 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  41.42 
 
 		 173 aa  118  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  41.42 
 
 		 173 aa  118  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  41.42 
 
 		 173 aa  118  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  41.42 
 
 		 173 aa  118  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  41.42 
 
 		 173 aa  118  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  46.38 
 
 		 183 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  45.52 
 
 		 167 aa  116  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  42.67 
 
 		 195 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  46.38 
 
 		 183 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  41.38 
 
 		 181 aa  116  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  38.95 
 
 		 190 aa  116  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  42.45 
 
 		 179 aa  116  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  44.14 
 
 		 184 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  42.75 
 
 		 182 aa  116  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  40.37 
 
 		 182 aa  115  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  43.48 
 
 		 169 aa  115  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  46.38 
 
 		 182 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  43.45 
 
 		 184 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  42.5 
 
 		 163 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  37.95 
 
 		 170 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  44.14 
 
 		 184 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  41.07 
 
 		 172 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  37.18 
 
 		 177 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  42.75 
 
 		 190 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  37.43 
 
 		 174 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  43.97 
 
 		 172 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  40.24 
 
 		 173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  38.04 
 
 		 168 aa  113  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  40.36 
 
 		 171 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  40.24 
 
 		 173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  40.24 
 
 		 173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  40.24 
 
 		 173 aa  113  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  39.76 
 
 		 180 aa  113  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  33.65 
 
 		 219 aa  113  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>