More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0294 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  100 
 
 		 204 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  91.67 
 
 		 205 aa  350  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  89.29 
 
 		 200 aa  345  4e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  76.35 
 
 		 206 aa  298  4e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  70.83 
 
 		 224 aa  252  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  71.84 
 
 		 237 aa  239  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  68.75 
 
 		 214 aa  233  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.35 
 
 		 593 aa  225  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  56.48 
 
 		 200 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  55.96 
 
 		 203 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  56.99 
 
 		 201 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  57.61 
 
 		 579 aa  204  6e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  59.2 
 
 		 604 aa  204  6e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  59.2 
 
 		 579 aa  204  7e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  56.83 
 
 		 208 aa  201  9e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  56.76 
 
 		 615 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  53.07 
 
 		 200 aa  193  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  53.07 
 
 		 217 aa  192  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  55 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  51.96 
 
 		 195 aa  191  7e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.68 
 
 		 594 aa  190  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  53.85 
 
 		 196 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  52.66 
 
 		 196 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  47.34 
 
 		 192 aa  179  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  51.96 
 
 		 198 aa  179  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  47.89 
 
 		 197 aa  177  7e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  57.23 
 
 		 187 aa  171  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  50.27 
 
 		 191 aa  169  3e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  50.58 
 
 		 216 aa  167  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  49.72 
 
 		 591 aa  161  6e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  55.03 
 
 		 181 aa  161  7e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  54.55 
 
 		 193 aa  160  8.000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  52.41 
 
 		 196 aa  159  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  51.19 
 
 		 178 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  41.21 
 
 		 181 aa  158  6e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  53.02 
 
 		 180 aa  157  9e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  47.59 
 
 		 179 aa  155  4e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  51.79 
 
 		 552 aa  154  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  50 
 
 		 188 aa  152  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  45.78 
 
 		 185 aa  147  7e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  45.25 
 
 		 190 aa  146  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  45.45 
 
 		 172 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  46.06 
 
 		 172 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  40.85 
 
 		 174 aa  124  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  42.05 
 
 		 183 aa  123  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  42.77 
 
 		 172 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  42.77 
 
 		 172 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  38.95 
 
 		 199 aa  119  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  43.04 
 
 		 190 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  39.63 
 
 		 180 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  36.36 
 
 		 172 aa  119  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  44.3 
 
 		 172 aa  119  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  45.65 
 
 		 183 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  44.22 
 
 		 229 aa  119  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  44.22 
 
 		 184 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  44.2 
 
 		 199 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  44.2 
 
 		 209 aa  118  6e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  44.93 
 
 		 183 aa  118  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  38.79 
 
 		 168 aa  118  6e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  43.88 
 
 		 184 aa  118  7e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  43.54 
 
 		 184 aa  118  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  43.88 
 
 		 177 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  43.88 
 
 		 177 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  43.88 
 
 		 177 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  43.88 
 
 		 177 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  43.88 
 
 		 177 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  38.69 
 
 		 173 aa  117  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  37.08 
 
 		 186 aa  117  9e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  38.55 
 
 		 190 aa  117  9e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  38.69 
 
 		 173 aa  117  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  38.69 
 
 		 173 aa  117  9e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  42.17 
 
 		 172 aa  117  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  38.69 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  39.64 
 
 		 225 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  42.68 
 
 		 167 aa  117  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  39.64 
 
 		 173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  39.64 
 
 		 225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  39.64 
 
 		 225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  36.96 
 
 		 191 aa  116  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  43.48 
 
 		 174 aa  116  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  39.64 
 
 		 173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  39.64 
 
 		 173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  39.64 
 
 		 173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  39.64 
 
 		 173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  39.64 
 
 		 173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  37.3 
 
 		 207 aa  116  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  39.05 
 
 		 173 aa  115  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  37.06 
 
 		 174 aa  116  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  34.3 
 
 		 173 aa  115  3e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  43.54 
 
 		 184 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  35.67 
 
 		 177 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  38.1 
 
 		 173 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  38.1 
 
 		 173 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  41.72 
 
 		 192 aa  115  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  38.1 
 
 		 173 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  38.1 
 
 		 173 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  39.64 
 
 		 173 aa  115  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  40.76 
 
 		 182 aa  115  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  38.1 
 
 		 173 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  40.12 
 
 		 169 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>