More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1282 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  100 
 
 		 178 aa  352  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  58.52 
 
 		 181 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  58.52 
 
 		 193 aa  195  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  58.43 
 
 		 185 aa  193  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  57.95 
 
 		 180 aa  192  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  55.11 
 
 		 196 aa  185  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  55.63 
 
 		 593 aa  174  7e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  50.3 
 
 		 197 aa  166  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  51.19 
 
 		 190 aa  165  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  51.52 
 
 		 196 aa  164  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  52.12 
 
 		 196 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  51.16 
 
 		 192 aa  163  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  49.11 
 
 		 206 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  53.33 
 
 		 208 aa  162  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  51.7 
 
 		 201 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  52.66 
 
 		 200 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  51.19 
 
 		 204 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  52.98 
 
 		 203 aa  159  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  57.14 
 
 		 237 aa  159  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  50.89 
 
 		 195 aa  157  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  46.39 
 
 		 200 aa  156  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  46.39 
 
 		 217 aa  155  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  55.78 
 
 		 594 aa  155  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  50.89 
 
 		 200 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  50.6 
 
 		 579 aa  155  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  50.3 
 
 		 205 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  48.8 
 
 		 206 aa  154  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 604 aa  153  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 579 aa  153  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  58.9 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  50.59 
 
 		 552 aa  149  3e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  49.7 
 
 		 216 aa  145  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  53.94 
 
 		 615 aa  144  5e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  41.21 
 
 		 181 aa  140  7e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  47.88 
 
 		 191 aa  140  8e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  43.93 
 
 		 181 aa  140  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  46.47 
 
 		 591 aa  139  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  49.4 
 
 		 187 aa  137  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  56.85 
 
 		 214 aa  136  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  45.18 
 
 		 179 aa  135  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  45.14 
 
 		 191 aa  132  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  43.9 
 
 		 181 aa  132  3e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  51.39 
 
 		 188 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  44.51 
 
 		 192 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  44.68 
 
 		 170 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  44.51 
 
 		 229 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  47.1 
 
 		 184 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  47.1 
 
 		 199 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  47.1 
 
 		 177 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  47.1 
 
 		 177 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  43.43 
 
 		 199 aa  128  5.0000000000000004e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  44.93 
 
 		 195 aa  128  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  47.1 
 
 		 177 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  47.1 
 
 		 177 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  50 
 
 		 196 aa  128  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  47.1 
 
 		 209 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  47.1 
 
 		 177 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  47.86 
 
 		 172 aa  127  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  47.83 
 
 		 183 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  47.83 
 
 		 183 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  47.1 
 
 		 190 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  40.12 
 
 		 173 aa  125  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  47.1 
 
 		 184 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  47.1 
 
 		 183 aa  125  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  47.1 
 
 		 184 aa  125  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  42.6 
 
 		 190 aa  124  6e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  42.35 
 
 		 198 aa  123  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  44.65 
 
 		 277 aa  124  1e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  40.57 
 
 		 190 aa  122  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  47.3 
 
 		 179 aa  122  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  38.79 
 
 		 184 aa  121  4e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  39.52 
 
 		 174 aa  121  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  38.29 
 
 		 173 aa  121  6e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  40.24 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  45.65 
 
 		 184 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  48.09 
 
 		 169 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  48.09 
 
 		 169 aa  117  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  46.26 
 
 		 192 aa  117  7.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  42.44 
 
 		 167 aa  117  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  39.02 
 
 		 187 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  45.39 
 
 		 169 aa  115  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  39.02 
 
 		 187 aa  115  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  47.62 
 
 		 189 aa  114  5e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  44.2 
 
 		 182 aa  114  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  38.46 
 
 		 190 aa  114  6.9999999999999995e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  35.67 
 
 		 180 aa  114  7.999999999999999e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0270  Shikimate kinase  45.71 
 
 		 184 aa  114  8.999999999999998e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.000000287272  normal  0.701055 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  43.05 
 
 		 175 aa  113  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  43.05 
 
 		 175 aa  113  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  38.67 
 
 		 184 aa  113  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  46.56 
 
 		 179 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  43.57 
 
 		 171 aa  113  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  46.67 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  41.92 
 
 		 177 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  46.56 
 
 		 179 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  43.07 
 
 		 176 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  36.14 
 
 		 166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  38.24 
 
 		 174 aa  112  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  38.93 
 
 		 177 aa  112  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  41.1 
 
 		 172 aa  112  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>