More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3534 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  100 
 
 
207 aa  422  1e-117  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  50.29 
 
 
173 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  50 
 
 
189 aa  152  5e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  52.47 
 
 
178 aa  149  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  47.13 
 
 
170 aa  148  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  48.77 
 
 
177 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  46.01 
 
 
171 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  45.62 
 
 
168 aa  142  5e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  45.62 
 
 
169 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  45.73 
 
 
208 aa  132  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  42.42 
 
 
168 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  42.94 
 
 
172 aa  128  6e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  38.76 
 
 
190 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  41.34 
 
 
191 aa  126  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  42.07 
 
 
593 aa  125  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  40.62 
 
 
197 aa  123  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  39.16 
 
 
196 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  39.13 
 
 
192 aa  122  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  41.71 
 
 
206 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  35.98 
 
 
591 aa  122  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  40.36 
 
 
196 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  40 
 
 
195 aa  120  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  39.75 
 
 
200 aa  119  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  39.75 
 
 
217 aa  119  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  36.9 
 
 
206 aa  119  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  40.72 
 
 
175 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  39.57 
 
 
200 aa  118  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  38.42 
 
 
201 aa  118  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  45.73 
 
 
615 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  40.62 
 
 
170 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  42.53 
 
 
179 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  37.43 
 
 
190 aa  116  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  39.05 
 
 
200 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  37.3 
 
 
204 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  42.18 
 
 
188 aa  115  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  37.79 
 
 
219 aa  114  8.999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  44.9 
 
 
594 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  39.02 
 
 
174 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  38.69 
 
 
552 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  40 
 
 
579 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  38.92 
 
 
173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  39.38 
 
 
205 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  37.5 
 
 
198 aa  112  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  36.36 
 
 
175 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  37.74 
 
 
166 aa  112  5e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  39.75 
 
 
551 aa  111  6e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  36.69 
 
 
171 aa  111  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  40.61 
 
 
177 aa  111  7.000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.38 
 
 
604 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.38 
 
 
579 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  38.46 
 
 
174 aa  111  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  39.38 
 
 
203 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  40.49 
 
 
196 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  39.77 
 
 
173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  36.69 
 
 
170 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  36.14 
 
 
190 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  36.53 
 
 
170 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  39.77 
 
 
173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  36.52 
 
 
186 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  39.13 
 
 
196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  39.77 
 
 
173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  39.77 
 
 
173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  36.94 
 
 
180 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  37.87 
 
 
172 aa  109  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  38.51 
 
 
167 aa  108  4.0000000000000004e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  38.67 
 
 
180 aa  109  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  38.96 
 
 
190 aa  109  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  43.04 
 
 
173 aa  108  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  39.75 
 
 
181 aa  108  4.0000000000000004e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  39.18 
 
 
173 aa  108  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1634  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.1 
 
 
521 aa  108  5e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.412877  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  38.06 
 
 
181 aa  108  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  39.75 
 
 
180 aa  108  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  39.13 
 
 
178 aa  108  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  37.82 
 
 
193 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  38.67 
 
 
180 aa  108  6e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  37.89 
 
 
186 aa  108  6e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  39.16 
 
 
190 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  39.76 
 
 
173 aa  108  7.000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  40 
 
 
180 aa  108  8.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  40.74 
 
 
172 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  37.58 
 
 
454 aa  107  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  39.1 
 
 
167 aa  107  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  37.58 
 
 
183 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  33.16 
 
 
199 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  39.63 
 
 
172 aa  106  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  38.6 
 
 
173 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  42.68 
 
 
237 aa  105  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  40.54 
 
 
198 aa  105  3e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  38.6 
 
 
173 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  38.6 
 
 
173 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  38.6 
 
 
173 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  38.6 
 
 
173 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  33.16 
 
 
209 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  40.54 
 
 
198 aa  105  4e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  40 
 
 
224 aa  105  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  38.82 
 
 
173 aa  105  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  34.88 
 
 
184 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  40 
 
 
187 aa  105  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  34.88 
 
 
177 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>