More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0008 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  100 
 
 
187 aa  370  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  63.28 
 
 
191 aa  216  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  57.89 
 
 
216 aa  190  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  58.18 
 
 
593 aa  181  6e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  56.36 
 
 
206 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  56.29 
 
 
198 aa  176  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  56.4 
 
 
208 aa  176  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  56.63 
 
 
205 aa  175  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  57.23 
 
 
200 aa  174  8e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  55.76 
 
 
203 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  57.23 
 
 
204 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  54.12 
 
 
591 aa  170  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  53.94 
 
 
179 aa  170  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  55.15 
 
 
579 aa  169  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.55 
 
 
604 aa  168  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.55 
 
 
579 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  54.55 
 
 
200 aa  168  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  53.33 
 
 
201 aa  164  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  57.06 
 
 
188 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  52.32 
 
 
200 aa  161  5.0000000000000005e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  52.32 
 
 
217 aa  161  6e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  54.55 
 
 
237 aa  159  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  46.71 
 
 
196 aa  157  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  56.36 
 
 
224 aa  157  9e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  46.93 
 
 
190 aa  156  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  52.54 
 
 
552 aa  156  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  46.67 
 
 
195 aa  155  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  48.48 
 
 
185 aa  155  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  45.24 
 
 
196 aa  155  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  53.33 
 
 
206 aa  153  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  54.22 
 
 
615 aa  152  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54 
 
 
594 aa  150  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  46.06 
 
 
192 aa  148  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  48.7 
 
 
181 aa  145  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  48.7 
 
 
193 aa  145  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  48.7 
 
 
180 aa  145  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  46.06 
 
 
197 aa  142  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  46.39 
 
 
196 aa  140  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  53.94 
 
 
214 aa  139  3e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  49.4 
 
 
178 aa  137  7e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  41.25 
 
 
181 aa  137  1e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  40.49 
 
 
172 aa  125  3e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  44.91 
 
 
180 aa  121  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  41.32 
 
 
173 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  41.32 
 
 
173 aa  113  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  41.32 
 
 
173 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  41.32 
 
 
173 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  37.57 
 
 
219 aa  112  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  40.72 
 
 
173 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  40.36 
 
 
171 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  44.71 
 
 
172 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  43.53 
 
 
172 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  40.36 
 
 
171 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  44.2 
 
 
190 aa  110  9e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  40.36 
 
 
171 aa  110  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  44.74 
 
 
173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  40.12 
 
 
225 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  40.12 
 
 
225 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  39.16 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  40.12 
 
 
225 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  40.12 
 
 
173 aa  109  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  39.76 
 
 
171 aa  108  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  40.12 
 
 
173 aa  109  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  40.12 
 
 
173 aa  109  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  40.12 
 
 
173 aa  109  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  40.12 
 
 
173 aa  109  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  42.03 
 
 
180 aa  108  3e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  40.12 
 
 
173 aa  109  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  45 
 
 
171 aa  108  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  39.76 
 
 
171 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  39.76 
 
 
171 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  39.76 
 
 
171 aa  109  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  39.76 
 
 
171 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  39.76 
 
 
171 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  39.76 
 
 
171 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  39.76 
 
 
171 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  39.76 
 
 
171 aa  108  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  39.52 
 
 
173 aa  108  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  39.29 
 
 
174 aa  108  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  42.75 
 
 
190 aa  108  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  46.38 
 
 
167 aa  107  7.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  39.51 
 
 
180 aa  108  7.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  39.52 
 
 
173 aa  107  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  39.52 
 
 
173 aa  107  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  39.52 
 
 
173 aa  107  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  39.52 
 
 
173 aa  107  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  39.52 
 
 
173 aa  107  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2488  shikimate kinase  43.66 
 
 
168 aa  106  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  40.25 
 
 
163 aa  106  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  38.69 
 
 
172 aa  105  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  39.16 
 
 
171 aa  105  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2022  shikimate kinase  39.19 
 
 
192 aa  105  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  41.18 
 
 
172 aa  105  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  39.16 
 
 
171 aa  105  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  40 
 
 
207 aa  105  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  38.55 
 
 
171 aa  105  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  44.22 
 
 
171 aa  105  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2880  shikimate kinase  36.63 
 
 
188 aa  104  7e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  33.94 
 
 
168 aa  104  7e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  40 
 
 
181 aa  103  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>