More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0532 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  100 
 
 		 206 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  76.35 
 
 		 204 aa  298  4e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  76.8 
 
 		 200 aa  296  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  77.49 
 
 		 205 aa  296  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  71.65 
 
 		 224 aa  256  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  73.68 
 
 		 237 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  66.83 
 
 		 214 aa  237  6.999999999999999e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.28 
 
 		 593 aa  229  3e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  59.59 
 
 		 203 aa  226  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  59.9 
 
 		 201 aa  225  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  59.79 
 
 		 200 aa  225  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  59.14 
 
 		 579 aa  214  9e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  60.67 
 
 		 604 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  60.67 
 
 		 579 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  61.58 
 
 		 615 aa  205  4e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  61.31 
 
 		 208 aa  204  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  53.37 
 
 		 195 aa  198  3.9999999999999996e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  54.97 
 
 		 200 aa  198  6e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  54.97 
 
 		 217 aa  197  7.999999999999999e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  57.07 
 
 		 594 aa  195  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  53.09 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  51.14 
 
 		 197 aa  191  7e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  54.44 
 
 		 196 aa  190  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  54.91 
 
 		 198 aa  183  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  52.07 
 
 		 196 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  54.44 
 
 		 191 aa  182  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  49.12 
 
 		 192 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  56.36 
 
 		 187 aa  177  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  47.62 
 
 		 216 aa  171  9e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  53.22 
 
 		 552 aa  165  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  46.78 
 
 		 179 aa  163  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  50.3 
 
 		 181 aa  162  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  49.11 
 
 		 178 aa  162  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  50.3 
 
 		 193 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  51.81 
 
 		 196 aa  160  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  48.48 
 
 		 180 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  44.3 
 
 		 181 aa  154  9e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  46.71 
 
 		 185 aa  153  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  52.74 
 
 		 591 aa  150  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  53.33 
 
 		 188 aa  149  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  48.2 
 
 		 190 aa  138  4.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  45.45 
 
 		 172 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  46.06 
 
 		 172 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  44.85 
 
 		 172 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  39.41 
 
 		 174 aa  124  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  41.71 
 
 		 207 aa  122  3e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  43.98 
 
 		 172 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  43.98 
 
 		 172 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  40.96 
 
 		 171 aa  121  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  40.72 
 
 		 172 aa  121  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  35.67 
 
 		 171 aa  121  9e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  43.2 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  40.36 
 
 		 174 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  119  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  40.12 
 
 		 171 aa  119  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  40.96 
 
 		 171 aa  119  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  40.96 
 
 		 171 aa  119  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  40.96 
 
 		 171 aa  119  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  40.96 
 
 		 171 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  40.96 
 
 		 171 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  40.96 
 
 		 171 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  40.96 
 
 		 171 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  40.96 
 
 		 171 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  40.96 
 
 		 171 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  39.16 
 
 		 171 aa  118  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  118  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  118  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  118  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  118  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  118  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  118  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 225 aa  117  7.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  39.53 
 
 		 199 aa  117  7.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  38.82 
 
 		 225 aa  117  9e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 225 aa  117  9e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  38.24 
 
 		 173 aa  117  9e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  39.16 
 
 		 171 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  42.17 
 
 		 171 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  38.82 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  37.84 
 
 		 192 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  43.54 
 
 		 174 aa  116  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  42.41 
 
 		 190 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  37.58 
 
 		 177 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  38.55 
 
 		 171 aa  116  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  38.51 
 
 		 172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  40.96 
 
 		 172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  38.55 
 
 		 171 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  43.67 
 
 		 163 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  44.9 
 
 		 183 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  38.32 
 
 		 172 aa  114  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  41.57 
 
 		 171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  43.67 
 
 		 163 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>