More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_3596 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  100 
 
 		 196 aa  394  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  91.33 
 
 		 196 aa  359  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  72.77 
 
 		 192 aa  294  5e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  75.57 
 
 		 197 aa  278  3e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  62.86 
 
 		 195 aa  229  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  54.5 
 
 		 579 aa  207  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  56.83 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  54.7 
 
 		 200 aa  204  7e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  54.7 
 
 		 217 aa  204  7e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.8 
 
 		 593 aa  201  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.86 
 
 		 579 aa  201  8e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.86 
 
 		 604 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  54.24 
 
 		 200 aa  194  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  54.8 
 
 		 203 aa  194  9e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  53.67 
 
 		 201 aa  194  9e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  53.85 
 
 		 204 aa  188  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  51.56 
 
 		 615 aa  184  6e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  52.07 
 
 		 200 aa  184  7e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  51.48 
 
 		 205 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  52.07 
 
 		 206 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  55.49 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  55.49 
 
 		 193 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  51.57 
 
 		 181 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  54.88 
 
 		 180 aa  178  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  55.76 
 
 		 196 aa  178  5.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  51.5 
 
 		 237 aa  169  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  48.52 
 
 		 208 aa  167  6e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.9 
 
 		 594 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  52.15 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  49.4 
 
 		 216 aa  165  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  49.7 
 
 		 188 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  52.12 
 
 		 178 aa  163  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  50.6 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  46.24 
 
 		 191 aa  156  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  45.24 
 
 		 187 aa  155  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  47.06 
 
 		 198 aa  155  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  47.02 
 
 		 591 aa  155  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  51.81 
 
 		 214 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  44.79 
 
 		 190 aa  149  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  45.98 
 
 		 552 aa  148  5e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  40.85 
 
 		 179 aa  141  7e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  43.48 
 
 		 170 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  38.69 
 
 		 199 aa  124  6e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  40.36 
 
 		 207 aa  122  3e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  37.43 
 
 		 191 aa  122  4e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  42.94 
 
 		 199 aa  122  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  36.97 
 
 		 172 aa  121  6e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  42.94 
 
 		 209 aa  121  8e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  44.22 
 
 		 179 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  39.88 
 
 		 174 aa  120  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  45.39 
 
 		 177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  45.39 
 
 		 184 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  45.39 
 
 		 177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  45.39 
 
 		 177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  34.91 
 
 		 171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  45.39 
 
 		 177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  45.39 
 
 		 177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  44.3 
 
 		 192 aa  118  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  34.48 
 
 		 181 aa  118  6e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  45.21 
 
 		 184 aa  117  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  45.21 
 
 		 184 aa  117  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  37.78 
 
 		 190 aa  117  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  36.78 
 
 		 180 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  44.52 
 
 		 183 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  43.15 
 
 		 183 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  39.18 
 
 		 169 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  43.15 
 
 		 183 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  40.67 
 
 		 192 aa  115  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  38.22 
 
 		 277 aa  115  3.9999999999999997e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  44.52 
 
 		 229 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  38.32 
 
 		 172 aa  115  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  44.52 
 
 		 183 aa  115  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  43.15 
 
 		 190 aa  114  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  40.69 
 
 		 195 aa  114  6.9999999999999995e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  36.13 
 
 		 225 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  44.2 
 
 		 190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  36.13 
 
 		 225 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  36.13 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  38.32 
 
 		 174 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  44.22 
 
 		 172 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  43.84 
 
 		 175 aa  112  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  37.87 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  37.87 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  37.87 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  37.87 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  37.87 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  37.75 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  33.92 
 
 		 172 aa  111  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0270  Shikimate kinase  35.76 
 
 		 184 aa  111  6e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.000000287272  normal  0.701055 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  37.28 
 
 		 173 aa  111  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  43.15 
 
 		 184 aa  111  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  37.5 
 
 		 184 aa  111  8.000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  37.58 
 
 		 171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  37.2 
 
 		 190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.75 
 
 		 181 aa  110  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  42.03 
 
 		 186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  37.28 
 
 		 173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  36.36 
 
 		 171 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  43.48 
 
 		 196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  37.28 
 
 		 173 aa  109  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>