More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1718 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  100 
 
 		 208 aa  409  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  65.88 
 
 		 593 aa  222  4e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  64.29 
 
 		 203 aa  205  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  61.31 
 
 		 206 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  59.41 
 
 		 205 aa  201  8e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  56.83 
 
 		 204 aa  201  9e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  62.5 
 
 		 200 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  64.29 
 
 		 579 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  61.9 
 
 		 201 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  63.69 
 
 		 579 aa  198  6e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  63.69 
 
 		 604 aa  198  6e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  58.46 
 
 		 615 aa  196  3e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  57.65 
 
 		 200 aa  195  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  54.71 
 
 		 195 aa  186  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  60.24 
 
 		 552 aa  186  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  54.97 
 
 		 216 aa  185  5e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  56 
 
 		 191 aa  185  5e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  54.71 
 
 		 198 aa  184  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  61.68 
 
 		 224 aa  183  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  51.91 
 
 		 200 aa  181  6e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  51.91 
 
 		 217 aa  181  8.000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  61.31 
 
 		 237 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  59.87 
 
 		 591 aa  179  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  60.93 
 
 		 594 aa  178  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  54.29 
 
 		 188 aa  177  8e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  56.4 
 
 		 187 aa  176  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  54.55 
 
 		 179 aa  176  3e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  52.69 
 
 		 206 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  50.28 
 
 		 197 aa  171  7.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  59.66 
 
 		 214 aa  169  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  48.52 
 
 		 196 aa  167  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  49.11 
 
 		 196 aa  167  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  52.12 
 
 		 181 aa  164  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  52.12 
 
 		 193 aa  164  8e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  43.9 
 
 		 181 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  53.33 
 
 		 178 aa  162  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  50.3 
 
 		 180 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  46.95 
 
 		 192 aa  158  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  51.2 
 
 		 196 aa  154  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  50 
 
 		 185 aa  144  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  45.03 
 
 		 180 aa  142  4e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  45.29 
 
 		 174 aa  141  6e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  47.77 
 
 		 190 aa  135  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  45.61 
 
 		 199 aa  135  5e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  45.73 
 
 		 207 aa  132  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  44.64 
 
 		 172 aa  131  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  44.64 
 
 		 172 aa  131  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  43.45 
 
 		 190 aa  129  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  45.98 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  42.86 
 
 		 171 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  47.88 
 
 		 184 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  46.43 
 
 		 183 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  43.71 
 
 		 179 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  45.83 
 
 		 183 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  44.05 
 
 		 191 aa  127  1.0000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  46.06 
 
 		 184 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  45.45 
 
 		 209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  45.45 
 
 		 199 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  45.45 
 
 		 177 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  45.45 
 
 		 177 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  45.45 
 
 		 177 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  45.45 
 
 		 177 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  45.83 
 
 		 172 aa  126  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  45.45 
 
 		 184 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  45.45 
 
 		 177 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  45.24 
 
 		 172 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  45.12 
 
 		 177 aa  125  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  45.24 
 
 		 183 aa  125  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  45.45 
 
 		 184 aa  125  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  42.51 
 
 		 172 aa  124  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  42.68 
 
 		 195 aa  124  7e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  42.77 
 
 		 171 aa  124  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  42.77 
 
 		 171 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  42.77 
 
 		 171 aa  124  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  42.86 
 
 		 172 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  43.37 
 
 		 171 aa  124  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  43.31 
 
 		 180 aa  124  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  42.17 
 
 		 171 aa  124  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  43.37 
 
 		 171 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  43.37 
 
 		 171 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  43.37 
 
 		 167 aa  123  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  44.38 
 
 		 163 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  42.77 
 
 		 171 aa  122  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  43.37 
 
 		 171 aa  122  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  44.38 
 
 		 163 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  42.77 
 
 		 171 aa  122  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  42.77 
 
 		 171 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  42.77 
 
 		 171 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  42.77 
 
 		 171 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  43.29 
 
 		 170 aa  122  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  42.77 
 
 		 171 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  46.67 
 
 		 179 aa  122  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  42.51 
 
 		 172 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  44.85 
 
 		 190 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  45.27 
 
 		 183 aa  122  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  48.1 
 
 		 169 aa  121  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  42.17 
 
 		 171 aa  121  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  41.92 
 
 		 171 aa  121  7e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  36.57 
 
 		 177 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  42.17 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>