More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2565 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  100 
 
 		 192 aa  387  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  72.77 
 
 		 196 aa  294  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  71.2 
 
 		 196 aa  291  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  72.57 
 
 		 197 aa  272  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  59.2 
 
 		 195 aa  217  8.999999999999998e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  53.8 
 
 		 579 aa  204  9e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  53.71 
 
 		 604 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  56.47 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  53.71 
 
 		 579 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  52.46 
 
 		 200 aa  197  7.999999999999999e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  51.6 
 
 		 201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.17 
 
 		 593 aa  193  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  51.14 
 
 		 200 aa  192  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  51.14 
 
 		 217 aa  192  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  51.63 
 
 		 203 aa  189  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  55.03 
 
 		 615 aa  184  7e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  50.57 
 
 		 200 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  50 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  47.34 
 
 		 204 aa  179  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  49.12 
 
 		 206 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  49.71 
 
 		 205 aa  178  4e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  52.41 
 
 		 181 aa  174  7e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  52.41 
 
 		 193 aa  174  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  51.2 
 
 		 180 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  51.81 
 
 		 196 aa  168  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  51.16 
 
 		 178 aa  163  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  49.13 
 
 		 188 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  49.19 
 
 		 594 aa  160  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  47.59 
 
 		 185 aa  158  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  47.9 
 
 		 237 aa  158  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  46.95 
 
 		 208 aa  158  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  48.48 
 
 		 191 aa  154  8e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  43.72 
 
 		 216 aa  150  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  47.37 
 
 		 552 aa  149  3e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  46.33 
 
 		 224 aa  148  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  46.39 
 
 		 591 aa  149  4e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  46.06 
 
 		 187 aa  148  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  43.68 
 
 		 198 aa  147  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  45.62 
 
 		 190 aa  141  7e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  47.27 
 
 		 214 aa  140  9e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  38.79 
 
 		 179 aa  137  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  39.13 
 
 		 207 aa  122  3e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  35.33 
 
 		 173 aa  121  5e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  42.86 
 
 		 170 aa  121  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  41.82 
 
 		 179 aa  121  8e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  39.04 
 
 		 181 aa  120  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  43.4 
 
 		 196 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  40.48 
 
 		 175 aa  119  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  38.1 
 
 		 199 aa  119  3e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  37.57 
 
 		 187 aa  119  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  33.13 
 
 		 171 aa  118  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  36.63 
 
 		 174 aa  117  7e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  36.99 
 
 		 187 aa  117  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  35.15 
 
 		 172 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  45.21 
 
 		 190 aa  117  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  44.3 
 
 		 192 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  38.69 
 
 		 191 aa  116  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  42.33 
 
 		 199 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  43.97 
 
 		 209 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  43.97 
 
 		 184 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  43.97 
 
 		 177 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  43.97 
 
 		 177 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  43.97 
 
 		 177 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  43.97 
 
 		 177 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  43.97 
 
 		 177 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  37.13 
 
 		 180 aa  114  8.999999999999998e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  37.28 
 
 		 174 aa  114  8.999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  42.57 
 
 		 171 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  39.18 
 
 		 277 aa  113  2.0000000000000002e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  43.24 
 
 		 229 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  39.13 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  40.99 
 
 		 183 aa  112  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  36.84 
 
 		 184 aa  112  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  38.65 
 
 		 171 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  38.65 
 
 		 171 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  38.65 
 
 		 171 aa  112  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  38.65 
 
 		 171 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  38.65 
 
 		 171 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  43.15 
 
 		 183 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  38.65 
 
 		 171 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  38.65 
 
 		 171 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  36.02 
 
 		 169 aa  112  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  35.37 
 
 		 181 aa  111  6e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  40.52 
 
 		 192 aa  111  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  40.99 
 
 		 184 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  39.26 
 
 		 172 aa  111  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  42.55 
 
 		 183 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  41.78 
 
 		 183 aa  110  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  40.99 
 
 		 184 aa  110  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  37.72 
 
 		 171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  38.04 
 
 		 171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  39.76 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  40 
 
 		 190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  38.57 
 
 		 195 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  38.04 
 
 		 171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  39.13 
 
 		 169 aa  109  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  35.93 
 
 		 180 aa  108  3e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  39.62 
 
 		 163 aa  109  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  41.26 
 
 		 172 aa  108  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  36.42 
 
 		 163 aa  109  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>