More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4053 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  100 
 
 		 197 aa  398  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  70.59 
 
 		 196 aa  279  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  75.57 
 
 		 196 aa  278  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  72.57 
 
 		 192 aa  272  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  62.07 
 
 		 195 aa  227  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  56.42 
 
 		 200 aa  212  2.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  56.42 
 
 		 217 aa  211  3.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.98 
 
 		 593 aa  206  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  54.44 
 
 		 206 aa  204  6e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  49.5 
 
 		 579 aa  193  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  51.14 
 
 		 206 aa  191  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  51.41 
 
 		 579 aa  184  5e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  51.41 
 
 		 604 aa  184  6e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  56.57 
 
 		 615 aa  184  7e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  49.17 
 
 		 203 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  49.73 
 
 		 201 aa  181  6e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  49.42 
 
 		 181 aa  181  6e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  49.45 
 
 		 200 aa  179  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  47.89 
 
 		 204 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  46.91 
 
 		 200 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  48 
 
 		 205 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  50.28 
 
 		 208 aa  171  6.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  48 
 
 		 193 aa  171  9e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  48.48 
 
 		 181 aa  169  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  49.71 
 
 		 237 aa  166  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  47.34 
 
 		 188 aa  167  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  52.94 
 
 		 594 aa  166  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  50.3 
 
 		 178 aa  166  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  46.06 
 
 		 180 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  50.33 
 
 		 196 aa  156  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  48.52 
 
 		 191 aa  155  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  48.86 
 
 		 224 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  46.43 
 
 		 216 aa  150  8.999999999999999e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  46.34 
 
 		 591 aa  150  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  47.92 
 
 		 185 aa  149  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  45.71 
 
 		 552 aa  148  6e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  46.79 
 
 		 198 aa  143  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  46.06 
 
 		 187 aa  142  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  49.4 
 
 		 214 aa  141  6e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  42.33 
 
 		 190 aa  139  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  41.82 
 
 		 179 aa  138  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  40.62 
 
 		 207 aa  123  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  39.74 
 
 		 170 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  33.33 
 
 		 171 aa  119  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  39.88 
 
 		 174 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  37.35 
 
 		 174 aa  115  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  39.04 
 
 		 169 aa  115  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  35.84 
 
 		 187 aa  115  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  36.75 
 
 		 173 aa  114  8.999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  35.26 
 
 		 187 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  34.71 
 
 		 181 aa  113  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  42.57 
 
 		 229 aa  113  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  37.42 
 
 		 172 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  37.58 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  41.84 
 
 		 199 aa  112  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  37.58 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  37.58 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  35.26 
 
 		 180 aa  112  3e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  36.97 
 
 		 173 aa  112  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  41.84 
 
 		 209 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  41.84 
 
 		 184 aa  111  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  41.84 
 
 		 177 aa  111  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  41.84 
 
 		 177 aa  111  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  33.51 
 
 		 191 aa  111  6e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  41.84 
 
 		 177 aa  111  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  41.84 
 
 		 177 aa  111  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  41.84 
 
 		 177 aa  111  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  38.16 
 
 		 184 aa  111  7.000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  37.2 
 
 		 173 aa  111  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  37.2 
 
 		 173 aa  111  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  42.28 
 
 		 192 aa  111  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  36.97 
 
 		 173 aa  111  8.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  37.2 
 
 		 173 aa  111  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  37.2 
 
 		 173 aa  111  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  37.2 
 
 		 173 aa  111  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  39.88 
 
 		 172 aa  111  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  43.15 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  43.15 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  41.84 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  35.26 
 
 		 180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  37.95 
 
 		 171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  37.2 
 
 		 173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  37.58 
 
 		 199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  37.84 
 
 		 195 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  34.93 
 
 		 172 aa  109  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  42.47 
 
 		 183 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  36.36 
 
 		 192 aa  109  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  37.2 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  41.22 
 
 		 179 aa  109  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  38.79 
 
 		 172 aa  108  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  37.2 
 
 		 173 aa  109  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  41.84 
 
 		 183 aa  109  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  36.65 
 
 		 171 aa  109  3e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  40.67 
 
 		 196 aa  109  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  37.2 
 
 		 173 aa  109  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  37.2 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  37.2 
 
 		 173 aa  109  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  37.2 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  37.2 
 
 		 173 aa  109  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>