More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0311 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  100 
 
 		 184 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  95.11 
 
 		 184 aa  360  4e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  93.48 
 
 		 184 aa  354  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  100 
 
 		 169 aa  345  3e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  86.96 
 
 		 184 aa  335  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  86.41 
 
 		 209 aa  334  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  85.87 
 
 		 199 aa  334  5e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  88.95 
 
 		 183 aa  330  6e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  86.19 
 
 		 183 aa  325  3e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  93.49 
 
 		 169 aa  323  7e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  92.9 
 
 		 169 aa  322  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  85.08 
 
 		 183 aa  322  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  86.93 
 
 		 177 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  86.93 
 
 		 177 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  86.93 
 
 		 177 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  86.93 
 
 		 177 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  86.93 
 
 		 177 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  93.21 
 
 		 162 aa  313  7e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  75.43 
 
 		 229 aa  272  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  74.14 
 
 		 190 aa  269  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  76.19 
 
 		 192 aa  262  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  72.89 
 
 		 179 aa  253  8e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  71.6 
 
 		 179 aa  252  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  63.12 
 
 		 161 aa  210  9e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  60.34 
 
 		 183 aa  209  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  60.61 
 
 		 170 aa  209  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  62.5 
 
 		 161 aa  207  1e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  60.98 
 
 		 190 aa  201  5e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  56.4 
 
 		 195 aa  201  6e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  60.36 
 
 		 174 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  57.99 
 
 		 179 aa  195  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  57.71 
 
 		 179 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  57.22 
 
 		 182 aa  194  8.000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  59.26 
 
 		 182 aa  189  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  56.71 
 
 		 172 aa  188  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  60.48 
 
 		 196 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  55.88 
 
 		 182 aa  183  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  56.89 
 
 		 184 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  57.58 
 
 		 186 aa  181  6e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  58.6 
 
 		 180 aa  181  6e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  58.18 
 
 		 186 aa  181  7e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  52.35 
 
 		 174 aa  175  3e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  52.44 
 
 		 171 aa  175  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  52.44 
 
 		 171 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  52.44 
 
 		 171 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  52.44 
 
 		 171 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  51.55 
 
 		 190 aa  171  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  51.22 
 
 		 175 aa  171  7.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  51.22 
 
 		 175 aa  171  7.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  51.22 
 
 		 171 aa  170  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  51.83 
 
 		 171 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  51.22 
 
 		 171 aa  169  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  51.22 
 
 		 171 aa  169  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  51.83 
 
 		 171 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  51.83 
 
 		 171 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  51.22 
 
 		 171 aa  169  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  51.83 
 
 		 171 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  51.83 
 
 		 171 aa  169  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  50.61 
 
 		 171 aa  169  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  51.22 
 
 		 171 aa  168  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  51.22 
 
 		 171 aa  168  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  52.12 
 
 		 167 aa  166  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  57.05 
 
 		 177 aa  167  1e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  50 
 
 		 171 aa  167  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  50 
 
 		 171 aa  164  5.9999999999999996e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  164  5.9999999999999996e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  50.31 
 
 		 180 aa  164  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  164  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  164  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  56.08 
 
 		 172 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  164  8e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  164  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  56.08 
 
 		 172 aa  164  9e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  54.88 
 
 		 179 aa  164  9e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  164  9e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  49.7 
 
 		 172 aa  163  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  56.08 
 
 		 172 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  49.09 
 
 		 172 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  50.91 
 
 		 174 aa  163  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  49.69 
 
 		 182 aa  162  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  53.61 
 
 		 178 aa  162  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  50.93 
 
 		 176 aa  162  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  48.17 
 
 		 171 aa  161  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  50.56 
 
 		 183 aa  161  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  56.08 
 
 		 172 aa  161  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  56.08 
 
 		 172 aa  161  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  48.8 
 
 		 225 aa  161  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  48.8 
 
 		 225 aa  160  8.000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  48.8 
 
 		 225 aa  160  8.000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  48.8 
 
 		 173 aa  160  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  48.8 
 
 		 173 aa  160  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  48.8 
 
 		 173 aa  160  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  48.8 
 
 		 173 aa  160  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  48.8 
 
 		 173 aa  160  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  48.8 
 
 		 173 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  48.8 
 
 		 173 aa  160  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  53.16 
 
 		 163 aa  160  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  48.8 
 
 		 173 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  48.8 
 
 		 173 aa  160  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  48.8 
 
 		 173 aa  160  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>