More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2170 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  100 
 
 		 201 aa  395  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  95.02 
 
 		 200 aa  371  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  79.47 
 
 		 579 aa  296  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  79.14 
 
 		 579 aa  294  7e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  79.14 
 
 		 604 aa  293  9e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  78.76 
 
 		 203 aa  291  4e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  62.98 
 
 		 593 aa  228  4e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  59.9 
 
 		 206 aa  225  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  56.99 
 
 		 204 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  56.83 
 
 		 205 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  67.66 
 
 		 237 aa  208  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  56.59 
 
 		 200 aa  207  7e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  53.89 
 
 		 200 aa  205  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  53.89 
 
 		 217 aa  204  5e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  56.82 
 
 		 206 aa  201  9e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  61.9 
 
 		 208 aa  198  3.9999999999999996e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  60.53 
 
 		 615 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  53.76 
 
 		 195 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  51.6 
 
 		 192 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  53.67 
 
 		 196 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  53.11 
 
 		 196 aa  190  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  56.52 
 
 		 224 aa  187  5.999999999999999e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  57.07 
 
 		 191 aa  186  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  55.05 
 
 		 594 aa  182  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  49.73 
 
 		 197 aa  181  6e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  51.98 
 
 		 198 aa  178  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  55.36 
 
 		 591 aa  175  4e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  56.47 
 
 		 552 aa  174  7e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  56.35 
 
 		 214 aa  171  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  50 
 
 		 179 aa  169  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  43.98 
 
 		 181 aa  169  3e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  53.33 
 
 		 187 aa  164  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  51.7 
 
 		 178 aa  162  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  52.49 
 
 		 196 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  52.69 
 
 		 181 aa  161  7e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  52.69 
 
 		 193 aa  160  9e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  51.19 
 
 		 180 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  52.27 
 
 		 188 aa  158  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  48.02 
 
 		 216 aa  150  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  48.8 
 
 		 185 aa  147  8e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  47.56 
 
 		 174 aa  141  6e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  47.27 
 
 		 184 aa  134  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  46.67 
 
 		 184 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  41.67 
 
 		 180 aa  132  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  43.43 
 
 		 190 aa  131  6.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  49.28 
 
 		 199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  45.09 
 
 		 183 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  45.45 
 
 		 209 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  45.45 
 
 		 177 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  45.45 
 
 		 177 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  45.45 
 
 		 177 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  45.45 
 
 		 184 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  45.45 
 
 		 177 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  45.45 
 
 		 177 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  43.37 
 
 		 171 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  47.47 
 
 		 169 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  47.47 
 
 		 169 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  41.81 
 
 		 191 aa  126  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  41.92 
 
 		 171 aa  125  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  39.41 
 
 		 173 aa  125  6e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  38.8 
 
 		 199 aa  124  7e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  41.36 
 
 		 190 aa  124  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  41.76 
 
 		 173 aa  124  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  41.18 
 
 		 173 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  41.18 
 
 		 173 aa  124  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  41.18 
 
 		 173 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  47.83 
 
 		 183 aa  123  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  44.24 
 
 		 183 aa  123  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  44.24 
 
 		 184 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  47.26 
 
 		 183 aa  122  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  49.28 
 
 		 182 aa  122  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  40.96 
 
 		 186 aa  121  6e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  40.59 
 
 		 173 aa  121  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  40.59 
 
 		 173 aa  121  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  40.59 
 
 		 173 aa  121  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  40.59 
 
 		 173 aa  121  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  40.59 
 
 		 173 aa  121  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  40.59 
 
 		 173 aa  121  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  42.42 
 
 		 175 aa  121  8e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  42.42 
 
 		 175 aa  121  8e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  40 
 
 		 174 aa  121  9e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  40.72 
 
 		 171 aa  120  9e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  40.59 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  42.17 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  40.96 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  43.11 
 
 		 172 aa  120  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  43.45 
 
 		 192 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  40.59 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  40.59 
 
 		 173 aa  120  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  40.59 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  41.57 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  41.57 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  41.57 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  40.59 
 
 		 173 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  41.57 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  41.57 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  41.57 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  41.57 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  41.57 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  40.59 
 
 		 173 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>