More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1609 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  100 
 
 		 185 aa  367  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  61.14 
 
 		 193 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  61.14 
 
 		 181 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  60.57 
 
 		 180 aa  210  7.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  58.86 
 
 		 196 aa  209  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  57.22 
 
 		 190 aa  194  5.000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  58.43 
 
 		 178 aa  193  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  52.15 
 
 		 196 aa  166  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  53.42 
 
 		 593 aa  162  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  47.59 
 
 		 192 aa  158  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  49.69 
 
 		 196 aa  156  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  48.5 
 
 		 205 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  48.48 
 
 		 187 aa  155  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  51.2 
 
 		 579 aa  154  8e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  51.2 
 
 		 579 aa  153  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  51.2 
 
 		 604 aa  153  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  46.71 
 
 		 206 aa  153  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  50.31 
 
 		 591 aa  152  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  46.11 
 
 		 200 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  49.4 
 
 		 200 aa  150  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  48.91 
 
 		 188 aa  150  8.999999999999999e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  50.6 
 
 		 203 aa  149  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  48.72 
 
 		 216 aa  149  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  47.92 
 
 		 197 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  48.8 
 
 		 201 aa  147  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  45.78 
 
 		 204 aa  147  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  50.68 
 
 		 195 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  44.85 
 
 		 181 aa  146  1.0000000000000001e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  47.53 
 
 		 552 aa  145  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  44.58 
 
 		 200 aa  145  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  44.58 
 
 		 217 aa  145  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  46.01 
 
 		 229 aa  144  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  50 
 
 		 208 aa  144  8.000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  47.24 
 
 		 209 aa  144  9e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  47.24 
 
 		 177 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  47.24 
 
 		 184 aa  143  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  47.24 
 
 		 177 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  47.24 
 
 		 177 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  46.63 
 
 		 199 aa  143  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  47.24 
 
 		 177 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  50.34 
 
 		 191 aa  143  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  47.24 
 
 		 177 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  44.17 
 
 		 190 aa  142  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  47.88 
 
 		 237 aa  141  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  55.56 
 
 		 615 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 594 aa  139  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  48.61 
 
 		 206 aa  137  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  43.56 
 
 		 192 aa  136  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  46.05 
 
 		 195 aa  137  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  44.85 
 
 		 183 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  45.45 
 
 		 183 aa  136  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  43.95 
 
 		 179 aa  134  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  44.85 
 
 		 184 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  43.95 
 
 		 179 aa  134  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  44.24 
 
 		 183 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  48.12 
 
 		 224 aa  133  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  46.11 
 
 		 196 aa  134  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  45.45 
 
 		 184 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  50.34 
 
 		 198 aa  131  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  44.24 
 
 		 184 aa  131  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  39.88 
 
 		 181 aa  127  6e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  51.41 
 
 		 214 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  45.22 
 
 		 169 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  45.22 
 
 		 169 aa  125  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  42.48 
 
 		 179 aa  125  4.0000000000000003e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  39.88 
 
 		 181 aa  124  6e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  43.95 
 
 		 169 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  42.76 
 
 		 170 aa  123  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  47.52 
 
 		 183 aa  123  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  42.21 
 
 		 182 aa  123  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  43.05 
 
 		 183 aa  121  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  43.15 
 
 		 184 aa  120  9.999999999999999e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  40.74 
 
 		 179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  41.84 
 
 		 186 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  37.95 
 
 		 180 aa  118  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  42.96 
 
 		 184 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  41.76 
 
 		 175 aa  118  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  40.51 
 
 		 182 aa  118  6e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  45.21 
 
 		 180 aa  117  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  42.55 
 
 		 186 aa  117  7e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  37.79 
 
 		 190 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  38.65 
 
 		 174 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  40.38 
 
 		 190 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  39.72 
 
 		 176 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  40.12 
 
 		 177 aa  115  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  43.33 
 
 		 162 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  42.51 
 
 		 175 aa  114  6.9999999999999995e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  37.42 
 
 		 172 aa  114  8.999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  43.45 
 
 		 199 aa  113  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  36.81 
 
 		 179 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  34.57 
 
 		 173 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  41.13 
 
 		 172 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  38.55 
 
 		 179 aa  112  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  37.58 
 
 		 161 aa  112  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  38.65 
 
 		 182 aa  112  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  41.46 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  40.76 
 
 		 167 aa  112  4.0000000000000004e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 172 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  43.26 
 
 		 172 aa  111  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  41.46 
 
 		 191 aa  110  8.000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>