More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2901 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  100 
 
 		 179 aa  364  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  96.65 
 
 		 179 aa  358  2e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  93.3 
 
 		 190 aa  340  5e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  76.65 
 
 		 229 aa  272  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  77.11 
 
 		 177 aa  267  7e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  74.71 
 
 		 192 aa  267  7e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  77.11 
 
 		 177 aa  267  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  77.11 
 
 		 177 aa  267  7e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  77.11 
 
 		 177 aa  267  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  77.11 
 
 		 177 aa  267  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  77.11 
 
 		 209 aa  267  7e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  77.11 
 
 		 184 aa  266  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  77.11 
 
 		 199 aa  266  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  75.45 
 
 		 183 aa  264  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  73.65 
 
 		 183 aa  259  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  72.89 
 
 		 184 aa  255  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  72.89 
 
 		 169 aa  254  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  72.89 
 
 		 169 aa  254  5e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  72.89 
 
 		 184 aa  253  7e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  73.05 
 
 		 183 aa  253  8e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  72.89 
 
 		 184 aa  253  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  72.29 
 
 		 169 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  73.58 
 
 		 162 aa  246  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  57.74 
 
 		 179 aa  202  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  58.18 
 
 		 182 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  56.97 
 
 		 174 aa  193  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  59.15 
 
 		 182 aa  192  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  58.13 
 
 		 161 aa  191  5e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  56.25 
 
 		 161 aa  189  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  61.88 
 
 		 196 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  56.55 
 
 		 182 aa  185  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  56.88 
 
 		 195 aa  185  3e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  58.86 
 
 		 170 aa  184  4e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  57.96 
 
 		 172 aa  182  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  56.6 
 
 		 183 aa  182  3e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  57.41 
 
 		 184 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  55.56 
 
 		 190 aa  181  7e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  54.66 
 
 		 179 aa  177  8e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  57.96 
 
 		 190 aa  176  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  56.21 
 
 		 176 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  54.43 
 
 		 186 aa  169  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  54.43 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  52.53 
 
 		 167 aa  166  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  54.55 
 
 		 180 aa  166  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  56.05 
 
 		 172 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  55.36 
 
 		 183 aa  165  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  59.57 
 
 		 172 aa  165  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  60.28 
 
 		 177 aa  165  4e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  54.94 
 
 		 178 aa  165  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  59.57 
 
 		 172 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  58.16 
 
 		 172 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  58.87 
 
 		 172 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  50.92 
 
 		 174 aa  162  3e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  58.87 
 
 		 172 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  53.16 
 
 		 163 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  58.87 
 
 		 163 aa  160  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  56.74 
 
 		 172 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  52.8 
 
 		 178 aa  160  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  51.59 
 
 		 172 aa  158  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  50.62 
 
 		 175 aa  157  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  57.45 
 
 		 163 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  56.34 
 
 		 180 aa  155  3e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  46.45 
 
 		 163 aa  153  1e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  49.04 
 
 		 175 aa  152  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  49.04 
 
 		 175 aa  152  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  46.84 
 
 		 171 aa  150  8e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  47.8 
 
 		 173 aa  149  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  47.8 
 
 		 173 aa  149  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  50.58 
 
 		 179 aa  149  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  53.19 
 
 		 169 aa  148  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  45.86 
 
 		 171 aa  147  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  45.86 
 
 		 171 aa  148  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  47.17 
 
 		 173 aa  147  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  47.8 
 
 		 173 aa  147  9e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  47.8 
 
 		 173 aa  147  9e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  47.8 
 
 		 173 aa  147  9e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  44.59 
 
 		 171 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  45.22 
 
 		 171 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  46.54 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  45.22 
 
 		 171 aa  145  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  46.54 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  46.54 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  45.57 
 
 		 172 aa  145  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  46.54 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  46.54 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  46.54 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  46.54 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  46.54 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  46.54 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  46.54 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  46.54 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  46.54 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  46.54 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  44.59 
 
 		 171 aa  144  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  46.54 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  44.94 
 
 		 174 aa  143  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  43.95 
 
 		 171 aa  143  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  49.36 
 
 		 182 aa  142  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  44.59 
 
 		 171 aa  142  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  44.59 
 
 		 171 aa  142  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>