More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmul_A0652 on replicon NC_007614
Organism: Nitrosospira multiformis ATCC 25196



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  100 
 
 
195 aa  396  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  57.58 
 
 
170 aa  207  7e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  58.14 
 
 
183 aa  205  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  58.68 
 
 
229 aa  204  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  56.4 
 
 
184 aa  202  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  56.98 
 
 
184 aa  201  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  56.4 
 
 
184 aa  201  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  57.06 
 
 
190 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  56.4 
 
 
183 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  55.69 
 
 
199 aa  197  7e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  55.69 
 
 
209 aa  197  7e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  55.69 
 
 
177 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  55.69 
 
 
184 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  57.32 
 
 
190 aa  196  1.0000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  55.69 
 
 
177 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  55.69 
 
 
177 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  55.69 
 
 
177 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  55.69 
 
 
177 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  56.89 
 
 
192 aa  194  8.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  54.65 
 
 
183 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  57.23 
 
 
183 aa  193  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  58.13 
 
 
169 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  57.5 
 
 
169 aa  189  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  53.8 
 
 
190 aa  188  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  57.5 
 
 
169 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  55.15 
 
 
169 aa  188  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  56.88 
 
 
179 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  56.88 
 
 
179 aa  185  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  57.79 
 
 
179 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  55.76 
 
 
172 aa  181  7e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  56.73 
 
 
196 aa  179  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  52.15 
 
 
176 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  56.21 
 
 
162 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  52.73 
 
 
186 aa  175  4e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  53.33 
 
 
186 aa  174  7e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  51.22 
 
 
172 aa  174  8e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  52.12 
 
 
172 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  51.22 
 
 
172 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  51.22 
 
 
172 aa  170  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  52.12 
 
 
172 aa  169  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  52.44 
 
 
180 aa  169  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  52.76 
 
 
177 aa  170  2e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  52.8 
 
 
161 aa  168  5e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  48.78 
 
 
167 aa  167  6e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  50.3 
 
 
172 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  50.94 
 
 
180 aa  165  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  51.22 
 
 
172 aa  165  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  51.22 
 
 
172 aa  165  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  48.82 
 
 
174 aa  164  9e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  48.78 
 
 
171 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  48.78 
 
 
171 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  48.78 
 
 
171 aa  162  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  48.17 
 
 
171 aa  162  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  48.78 
 
 
171 aa  162  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  50.32 
 
 
163 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  48.17 
 
 
171 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  48.78 
 
 
171 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  48.78 
 
 
171 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  48.78 
 
 
171 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  48.78 
 
 
171 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  50 
 
 
182 aa  160  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  48.78 
 
 
171 aa  160  9e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  48.17 
 
 
171 aa  160  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  48.17 
 
 
171 aa  160  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  51.59 
 
 
163 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  48.17 
 
 
171 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  48.17 
 
 
171 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  48.78 
 
 
171 aa  160  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  48.78 
 
 
175 aa  159  2e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  48.78 
 
 
175 aa  159  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  51.22 
 
 
184 aa  159  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  46.67 
 
 
171 aa  159  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  53.74 
 
 
179 aa  157  6e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  47.9 
 
 
182 aa  158  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  48.45 
 
 
161 aa  157  9e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  48.45 
 
 
182 aa  157  9e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  50.96 
 
 
163 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  52.66 
 
 
179 aa  155  4e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  52.66 
 
 
179 aa  155  4e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  45.73 
 
 
171 aa  154  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  47.56 
 
 
174 aa  154  8e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  46.15 
 
 
172 aa  154  9e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  46.71 
 
 
174 aa  153  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  47.56 
 
 
172 aa  152  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  45.78 
 
 
179 aa  152  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  46.06 
 
 
173 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  46.06 
 
 
173 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  46.06 
 
 
173 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  46.06 
 
 
173 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0280  Shikimate kinase  50.6 
 
 
180 aa  150  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.129636  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  46.88 
 
 
171 aa  150  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  46.06 
 
 
173 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  45.56 
 
 
173 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  44.97 
 
 
173 aa  149  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  44.97 
 
 
173 aa  149  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  44.97 
 
 
173 aa  149  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  46.67 
 
 
173 aa  149  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  45.45 
 
 
173 aa  149  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  50 
 
 
182 aa  148  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  46.06 
 
 
173 aa  148  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>