More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0086 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  100 
 
 
161 aa  328  3e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  92.5 
 
 
161 aa  307  2.9999999999999997e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  63.12 
 
 
184 aa  210  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  63.12 
 
 
169 aa  210  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  61.25 
 
 
183 aa  208  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  61.25 
 
 
184 aa  207  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  61.25 
 
 
183 aa  206  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  61.88 
 
 
199 aa  205  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  61.88 
 
 
184 aa  204  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  60.62 
 
 
169 aa  205  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  60.62 
 
 
184 aa  205  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  61.88 
 
 
209 aa  204  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  61.88 
 
 
177 aa  204  4e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  61.88 
 
 
177 aa  204  4e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  61.88 
 
 
177 aa  204  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  61.88 
 
 
177 aa  204  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  61.88 
 
 
177 aa  204  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  60 
 
 
169 aa  204  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  60.62 
 
 
183 aa  202  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  60.62 
 
 
192 aa  201  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  58.13 
 
 
190 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  59.38 
 
 
229 aa  196  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  59.48 
 
 
162 aa  191  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  56.25 
 
 
179 aa  189  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  57.96 
 
 
170 aa  189  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  55.62 
 
 
179 aa  189  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  52.87 
 
 
190 aa  166  9e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  54.72 
 
 
172 aa  165  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  54.93 
 
 
180 aa  163  8e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  52.2 
 
 
183 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  52.2 
 
 
182 aa  159  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  50.94 
 
 
179 aa  158  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  48.45 
 
 
195 aa  157  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  51.27 
 
 
186 aa  156  1e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  50 
 
 
186 aa  155  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  49.69 
 
 
174 aa  155  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  48.7 
 
 
180 aa  154  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  49.38 
 
 
196 aa  154  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  48.1 
 
 
163 aa  153  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  50.32 
 
 
175 aa  152  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  50.32 
 
 
175 aa  152  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  49.04 
 
 
174 aa  152  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  46.88 
 
 
179 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  50.31 
 
 
184 aa  148  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  49.03 
 
 
163 aa  147  5e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  49.06 
 
 
182 aa  147  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  49.68 
 
 
172 aa  145  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  47.8 
 
 
182 aa  145  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  47.77 
 
 
172 aa  144  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  44.87 
 
 
182 aa  143  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  47.71 
 
 
190 aa  143  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  51.92 
 
 
167 aa  142  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  44.94 
 
 
172 aa  142  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  48.41 
 
 
172 aa  142  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  48.1 
 
 
172 aa  140  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  52.48 
 
 
172 aa  140  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  48.1 
 
 
172 aa  140  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  50.7 
 
 
177 aa  140  7e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  48.1 
 
 
163 aa  140  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  45.57 
 
 
174 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  47.06 
 
 
176 aa  138  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  46.5 
 
 
171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  44.65 
 
 
171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  46.5 
 
 
171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  46.5 
 
 
171 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  46.5 
 
 
171 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  46.5 
 
 
171 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  46.5 
 
 
171 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  49.38 
 
 
179 aa  138  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  45.86 
 
 
172 aa  138  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  45.86 
 
 
172 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  46.5 
 
 
171 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  44.3 
 
 
172 aa  137  4.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  45.86 
 
 
171 aa  137  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  45.86 
 
 
171 aa  137  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  46.5 
 
 
171 aa  135  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  46.5 
 
 
171 aa  135  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  45.86 
 
 
171 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  45.86 
 
 
171 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  45.22 
 
 
171 aa  134  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  44.59 
 
 
171 aa  134  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  45.86 
 
 
171 aa  134  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  46.2 
 
 
163 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  47.52 
 
 
169 aa  133  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  44.38 
 
 
175 aa  132  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  44.65 
 
 
173 aa  130  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  44.65 
 
 
173 aa  130  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  44.65 
 
 
173 aa  130  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  44.65 
 
 
173 aa  130  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  44.65 
 
 
173 aa  130  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  45.68 
 
 
178 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  43.4 
 
 
171 aa  130  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  44.65 
 
 
173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  44.03 
 
 
173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  48.17 
 
 
183 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  44.03 
 
 
173 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  44.03 
 
 
173 aa  127  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  44.03 
 
 
173 aa  127  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  44.03 
 
 
173 aa  127  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  45.06 
 
 
178 aa  127  7.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>