More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Aave_1002 on replicon NC_008752
Organism: Acidovorax citrulli AAC00-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  100 
 
 
183 aa  360  8e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  66.09 
 
 
182 aa  220  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  65.71 
 
 
174 aa  216  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  64.91 
 
 
179 aa  214  8e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  62.35 
 
 
182 aa  205  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  61.27 
 
 
182 aa  198  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  60.69 
 
 
184 aa  189  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  60 
 
 
178 aa  179  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  58.62 
 
 
178 aa  176  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  55.68 
 
 
190 aa  175  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  52.81 
 
 
209 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  52.81 
 
 
184 aa  170  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  52.25 
 
 
199 aa  169  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  52.78 
 
 
175 aa  167  6e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  52.87 
 
 
177 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  52.87 
 
 
177 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  52.87 
 
 
177 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  52.87 
 
 
177 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  52.87 
 
 
177 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  52.25 
 
 
183 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  55.36 
 
 
179 aa  165  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  53.93 
 
 
229 aa  165  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  55.36 
 
 
179 aa  164  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  51.69 
 
 
184 aa  164  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  51.69 
 
 
184 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  50.28 
 
 
183 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  50.56 
 
 
184 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  50.28 
 
 
183 aa  161  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  52.3 
 
 
192 aa  158  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  49.11 
 
 
183 aa  154  9e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  53.33 
 
 
169 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  52.12 
 
 
169 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  52.73 
 
 
169 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  55.03 
 
 
172 aa  150  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5575  shikimate kinase  57.99 
 
 
181 aa  149  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.421314  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  50.31 
 
 
176 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  48.82 
 
 
190 aa  145  4.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  49.72 
 
 
196 aa  142  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  51.57 
 
 
162 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  51.97 
 
 
180 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  50 
 
 
174 aa  137  6e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  46.89 
 
 
195 aa  137  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  45.83 
 
 
174 aa  134  5e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  49.11 
 
 
175 aa  133  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  49.11 
 
 
175 aa  133  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  52.94 
 
 
177 aa  133  9.999999999999999e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  45.73 
 
 
169 aa  132  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  49.09 
 
 
190 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  46.11 
 
 
170 aa  132  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  49.32 
 
 
167 aa  131  6.999999999999999e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  44.05 
 
 
172 aa  130  6.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  46.62 
 
 
186 aa  130  7.999999999999999e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  49.32 
 
 
179 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  48.78 
 
 
161 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  49.32 
 
 
179 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  47.3 
 
 
186 aa  130  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  44.05 
 
 
172 aa  129  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  49.7 
 
 
179 aa  129  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  48.17 
 
 
161 aa  129  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  46.24 
 
 
179 aa  128  4.0000000000000003e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  49.01 
 
 
172 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  47.02 
 
 
171 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  50.33 
 
 
172 aa  127  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  49.66 
 
 
173 aa  127  9.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  48.75 
 
 
163 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  43.2 
 
 
180 aa  127  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  48.68 
 
 
172 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  46.99 
 
 
173 aa  127  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  48.68 
 
 
172 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  47.5 
 
 
173 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  48.99 
 
 
173 aa  125  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  48.99 
 
 
173 aa  125  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  48.99 
 
 
173 aa  125  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  49.67 
 
 
172 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  43.2 
 
 
171 aa  125  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  47.52 
 
 
163 aa  124  5e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  45.7 
 
 
171 aa  124  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  45.78 
 
 
173 aa  123  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  45.78 
 
 
225 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  45.78 
 
 
173 aa  123  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  45.78 
 
 
173 aa  123  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  45.78 
 
 
173 aa  123  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  45.78 
 
 
173 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  45.78 
 
 
173 aa  123  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  45.78 
 
 
173 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  45.78 
 
 
225 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  45.78 
 
 
173 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  45.78 
 
 
173 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  45.78 
 
 
225 aa  123  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  45.78 
 
 
173 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  45.78 
 
 
173 aa  123  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  47.02 
 
 
172 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  38.98 
 
 
182 aa  122  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  47.02 
 
 
172 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  47.68 
 
 
172 aa  121  6e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  43.05 
 
 
185 aa  121  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  45.88 
 
 
173 aa  121  7e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  44.23 
 
 
173 aa  121  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  46.36 
 
 
171 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  43.06 
 
 
184 aa  119  1.9999999999999998e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.494789 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>